具体说来，马一浮认为，涵养对于每一个人来讲都是十分重要的。他引孟子关于“苟得其养，无物不长，苟失其养，无物不消”（《告子上》）之说来作论证。他认为，人心之本体原本是“虚明不昧”、“含容深广”的，然而由于“为气禀所拘，故不免褊小而失其广大之量”；由于“为物欲所蔽，故不免昏暗而失其觉照之用”。总之，都是由“气夺其志”而造成的。要把持住“志”而不使其暴失，则必须用涵养，而涵养之关键，则在于“主敬”。所以，他强调说：“须知敬之一字，实为入德之门。此是圣贤血脉所系。”（《复性书院讲录》卷一）

“穷理为致知之要”是这四句中的重点。在谈到“理”的问题时，马一浮总是联系“气”和“事”来说，强调“理气”、“理事”的“一源”和“无间”。他继承程朱的思想说，“有气必有理”，“离气则无以见理”，“无此理则气亦不存”，“理气同时而具，本无先后，因言说乃有先后”等等。同时，他也进一步发挥道：“太极未形以前，冲漠无朕，可说气在理中；太极既形以后，万象森然，可说理在气中。”他还结合“易”的三种含义来阐发理气的关系，说：“气是变易，理是不易，全气是理，全理是气，即是简易。”这是一种新的解释，诚如他自己所说的，“此是某楷定之义，先儒释三义未曾如此说。”（《泰和会语》“义理名相一”）以后，他又把“易”之三义与佛教所说的“体、相、用”三大贯通起来，认为“不易是体大，变易是相大，简易是用大”（《复性书院讲录》卷二“论语大义七”）。从而使理气的体用关系，得到了更为生动细致的说明。关于“理事”关系，他则一再强调“事外无理”和“理事双融”。

在“理”的问题上，更重要的还有一个“理”与“心”的关系问题。在此问题上，马一浮竭力调和程朱和陆王的差别，而坚持的则是“心外无理”的观点。他解释朱熹的“格物致知说”说：“朱子释格物为穷至事物之理，致知为推极吾心之知。知者，知此理也，知具于心，则理不在心外明矣。”按照马一浮所引朱子的话，实在是很难得出他所推论的结论的，显然他是想挽救朱子向外穷理的支离繁琐，而有意这样来推解的。他还说：“格物即是穷理，异名同实”，那么他为什么采用“穷理”一名，而不采用“格物”之名呢？他解释说：“只为从来学者都被一个物字所碍，错认物为外，因而再误，复认理为外。”因此，他坚定地认为，“心外无物，事外无理，事虽万殊，不离一心。一心贯万事，即一心具众理。即事即理，即理即心，心外无理，亦即心外无事。”他还引用佛教的理论来作佐证，说：“佛氏亦言，当知法界性一切唯心所造。心生法生，心灭法灭，万行不离一心，一心不违万行。”他的这些论证，最终是要得出这样一个结论，即：“致知是知此理，唯是自觉自证境界，拈似人不得。如人饮水，冷暖自知，一切名言诠表，只是勉强描模一个体段，到得此理显现之时，始名为知。”（同上，卷一“学规”）这也就与我们上面所提到的“反求自心之义理”衔接起来了。可以说，穷理致知是马一浮理学思想的核心，从这里出发，又回归这里。

马一浮说：“穷理主于思之意多，博文主于学之意多。”所以，“博文为立事之要”的意思 ，主要是强调必须多学多识，才能正确而果断地处理各种行事。他十分重视学习，要求学者达到“通而不局”、“通而不执”，并且认为只有那些“足以尽天下之事相而无所执碍者，乃可语于博矣”。（同上）他也十分注意学习方法，专门写了一篇“读书法”，来指导求学者。他认为，读书的关键在于得意、穷理，否则就成了“读死书”，“买椟还珠”，毫无用处；再则，读书虽然属于穷理博文方面的事，但也必须付诸笃行，提高自己的道德修养，否则岂不是“玩物丧志”，自欺欺人。他总结读书之道，概括为四点：“一曰通而不局，二曰精而不杂，三曰密而不烦，四曰专而不固。”具体地说：“执一而废他者，局也；多歧而无统者，杂也；语小而近琐者，烦也；滞迹而遗本者，固也。”反之，“通则曲畅旁通而无门户之见，精则幽微洞彻而无肤廓之言，密则条理谨严而无疏略之病，专则宗趣明确而无泛滥之失。”总而言之，“不局不杂，知类也；不烦不固，知要也。类者，辨其流别，博之事也；要者，综其指归，约之事也。读书之道尽于此矣。”（同上，“读书法”）马一浮在这里所讲的读书之道，完全是他的切身体会，经验之谈，有值得我们借鉴的地方。 “笃行为进德之要”也是这四句中的要紧之处。强调笃行，是马一浮理学思想的落实处。他解释说，德是指内在的品德，即所谓“自其得于理者言之”，而行是指外在的行为，即所谓“自其见于事者言之”。所以，德和行就像理和事的关系那样，只是表示内外的名称，而不是无关的两件事。笃的意思则是指“充实而有恒”。他认为，德有“性德”和“修德”之别，前者是先天本具的，而后者则是通过修养得到的。但是，学者也必须知道，“性德虽是本具，不因修证则不能显。”因而，所谓“笃行为进德之要”，也就是讲的“因修显性”。他严厉批评“执性废修”的谬见，并借用佛教“性修不二”的说法，来强调“圣人之教在因修显性，决不执性废修”（《尔雅台答问续编》卷二“示张德钧”）的思想。他说：“理虽本具，亦要学而后明，精义入神，方能致用，所以说性修不二。专言守良心，便是执性废修。”（同上，卷三“示杨霞峰”）他更发挥说：“全性起修，即本体即功夫；全修在性，即功夫即本体。修此本体之功夫，证此功夫之本体，乃是笃行进德也。”换言之，他认为，“行有欠缺，即德有欠缺；行有间断，即德有间断。故虽曰性德无亏，亦须笃行到极至处始能体取。”（《复性书院讲录》卷一“学规”）这里，马一浮所讲的“性修不二”，其核心也就是他说的“修此本体之功夫，证此功夫之本体”，也就是说，从心出发再返回到心，充分表达了他的一切唯心的根本立场。不过，就他强调笃行的重要性来讲，也还是有一定意义的。他十分赞赏王阳明“知行合一”的理论，认为佛教讲“悲智双融”，儒家讲“仁智一体”，这方面只有“王阳明知行合一之说见得此意”（同上，卷一“示张立民”）。他说：“说食不饱，数宝不富”（同上，“示吴敬生”），所以如果把圣人的教导“只作一种知解、一种言说领取，而不肯笃行，则是辜负自己，辜负先圣”（《复性书院讲录》卷一“学规”）。

马一浮的著作大部分是由其讲学而记录下来的笔记，主要有：《泰和会语》、《宜山会语》、《复性书院讲录》、《尔雅台答问》等。

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