军队调动权掌握在皇帝手中，枢密院仅作为参谋和执行部门。元代规定，“以兵籍系军机重务，汉人不阅其数。虽枢密近臣职专军旅者，惟长官一二人知之。故有国百年，而内外兵数之多寡，人莫有知之者”，这反映了元朝统治者对武装力量的一贯重视。

适应着战争的需要和科学技术的发展，在这个时期出现了许多新的专门兵种，如西夏的铁鹞军、金代的拐子马军、元代的炮军，都曾在战争中起过重要的作用。夏、辽、金、元都是以骑兵为主力，而且马匹都带有铁甲，故号称“铁骑”。其他诸如弩、水、步等兵种也很发达。

元代军队

依靠军事征服，有许多降军归附，其数量甚至多于本族兵马。如何处置这些军队，令统治者颇费思考。除了采取安抚改编之外，还有意贬低这些降军的地位和作用，在战争当中，又让这些降军充当前驱，用以攻城摧坚，以谋削弱这些部队的有生力量，最后借敌方之手消灭这些降附部队。例如南宋政权在襄阳和崖山溃降的军队被元朝整编为新附军，这是一支拥有十几万兵员的、训练有素的军队。元朝既不敢杀降，又不敢轻率遣散，怕操之过急。引起兵变。这只军队名为收编的降附，实际上却是元朝的心腹之患。于是元朝命令其出征日本和爪哇。宋降将范文虎所率的10万将士在出征日本时，遇风覆没，幸存者只有十之一二。在如此损兵折将的情况下，忽必烈却对范文虎及残部将士大加赏赐，其用心乃在于不杀降人而使降人自灭。军事从属于政治，军制与政制密不可分，在这里得到了有力的证明。

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