在福建、浙江编制的抗击倭寇的军队，则以5进位制，5人为伍，5伍为甲，5甲为队，若干个队组成营，若干个营组成镇。戚继光的“戚家军”则又不同，5人为伍，2伍为队，4队为宗，5宗为哨，4哨为营。戚继光在蓟镇组编的军队，又采用3进位制的编制：12人组成“队”（分为杀手队和鸟铳队，前者以近距格斗为主，2名圆牌手、2名狼筅手、2名长枪手兼弓箭手、2名钯手兼火箭手、2名大棒手兼弓箭手、1名火兵和1名队长混编；后者10名鸟铳手和1名火兵、1名队长），3队组成1旗（设1名旗总，共37人），3旗组成1局（设1名百总，共112人），3局组成1司（设1名把总，共449人），2司组成1部（设1名千总，共899人），3部组成1营（设将官，共2699人）。
　　
　　满族军事实力在关外逐渐壮大的同时，开始建立八旗制度。其兵民合一、平战一体的基本编制是10人为1队，若干队组成“塔坦”（村落，设章京），4个塔坦组成1个“牛录”（以300人为标准，设佐领），5个牛录组成1个“甲喇”（设参领），5个甲喇组成1个“固山”（即“旗”,设固山额真，即旗主）。牛录为基本战术单位，固山为战略单位。这套编制后来推广于蒙古八旗和汉军八旗，但实际往往并不足额。比如蒙古、汉军八旗不到300人就可以编为牛录。入关后八旗兵长期维持这一编制体系。
　　
　　作为清朝入关后主要军事力量的绿营兵，是由入关时逐步收编投降的明军组成的，而明末军队已不复有全国统一的编制，绿营兵的编制开始就很混乱。以后又因为满清统治者视绿营兵为治安军，并不以提高战斗力为编制原则，因此绿营这种混乱的编制长期保留下来。
　　
　　绿营兵编制总的来说是以“营”为基本单位，根据驻防地点的重要性，各设有参将（正三品）、游击（从三品）、都司（正四品）、守备（正五品）等军官；而各营又按照长官的等级以及驻防重要性规定有不同的兵员编制数目，在200-1200名之间。营以下也没有统一的编制，而是分“汛”驻防。各汛分设“千总”（从六品）和“把总”（正七品），其所辖兵员定额也各不一致。按照全国有60万绿营兵，除以1653个千总、3414个把总，每汛不过百人而已。汛下又有“塘”、“卡”、“哨”等编制，最小的不满10人。
　　
　　营以上的编制也是毫无统一性。一个战略地点的各营隶属于“镇”（设有总兵，正二品），该镇总兵直属的若干个营组成“协”,由副将（正三品）指挥。各省设提督（从一品）统领本省的绿营兵驻军（有的省不设提督，由巡抚统领），若干个省组成大军区性质的总督辖区，由总督指挥。这些提督、巡抚、总督也拥有直接隶属的若干个营组成的“标”.
　　
　　而且以上所讲的绿营兵编制还是平时驻防编制，如果要征调出征，又不是成建制的调动，而是要从各省各镇各营各汛抽调官兵，来重新组编成战斗部队。这种战斗部队的编制居然没有一个固定的成法，一般的原则是以原来从属于某一镇的官兵重新组编为一个营，从一个省调出的部队再组编为一支军队。
　　
　　由于清朝的这套编制实在是难以应付大规模的战争，与其从各省缓慢抽调官兵组编战斗部队，还不如在当地征募士兵组建新部队方便。因此从清中期镇压白莲教起义以后越来越经常采用临时征“勇”代兵。勇和兵不一样，是打仗的“临时工”,为战事而征募，战后即遣散。