海都干涉远东事务的希望成了泡影，但是，他仍是杭爱山以西的西蒙古和突厥斯坦的君主。忽必烈的一个孙子甘麻刺（Ka－mala）王子担负着守卫杭爱山边境地防止海都入侵的任务，结果他被海都军打败，并被围困在色楞格河附近，在费尽了努力后才逃脱。忽必烈不顾自己年事已高，感到有必要亲自前去扭转形势（1289年7月）。但是，海都按游牧方式已经远遁。1293年，留在蒙古统率帝国军队的伯颜，以哈拉和林为基地，成功地发动了一次对叛军的远征。同年，忽必烈之孙、铁穆耳王子取代伯颜统率军队。伯颜成了忽必烈的宰相，他在忽必烈去世后不久，于1295年去世。
　　忽必烈生前未能看到反海都之战的结束。当这位大皇帝于1294年2月18日去世时，窝阔台家族的首领仍然是杭爱山以西的蒙古和中亚的君主。忽必烈的孙子、继承者铁穆耳完泽笃（1295－1307年在位）继续了这场战争。当时海都的主要盟友和属臣是统治着突厥斯坦的察合台兀鲁思首领都哇。在1297年至1298年期间，都哇发动突

　　然攻击，捉住了汪古部勇敢的阔里吉思王子（即乔治，在此可以回顾一下，汪古部人是聂思托里安教教徒），他是铁穆耳皇帝的女婿，正统帅着在蒙古的帝国军队。当时都哇企图袭击另一支帝国军队，即由保卫着唐兀惕边境（甘肃西部）的阿难答王子统率的军队。但是，他本人却意外地遭到袭击，只得逃跑。为报此仇，他处死了他的俘虏阔里吉思（1298年）。

　　1301年，海都作了进攻帝国的最后一次努力。这次有窝阔台系和察合台系的许多宗王参加。他向哈拉和林进军，和林当时由铁穆耳皇帝的侄子海山王子镇守。1301年8月，在和林与鄂尔浑河左岸支流塔米尔河之间展开一场大战。结果海都战败，并在撤退中死去。

　　海都在与元军战斗中受伤，并在回师中死去后，子察八儿继承窝阔台汗国主。1304年察哈台国主都哇起而与察八儿争战，大掠其国西部诸城。元朝海山(就是后来元成宗的继承者元武宗)的军队也越过阿尔泰山，大破察八儿军。察八儿逃到都哇处。察合台兀鲁思首领都哇最初承认察八儿是他的宗主，但是，不久厌倦了这些无休止的反帝国战争，他劝说察八儿承认铁穆耳皇帝(元成宗)为宗主。1303年8月，两位宗王的使者到北京宫廷表示效忠，这是十分重要的一步，它再次把窝阔台和察合台的兀鲁思置于拖雷家族的藩属地位而恢复了蒙古的统一。接着，正像我们将要看到那样，都哇和察八儿之间发生争吵；都哇囚禁了察八儿，逼他交出东、西突厥斯坦（约1306年）。都哇死（约1306－1307年）后，察八儿约于1309年进攻都哇之子、继承者怯伯（Kebek）汗，企图以此恢复窝阔台兀鲁思对察合台兀鲁思的霸权，但是，他被怯伯开打败，除了逃到中国大汗处避难外，别无选择。

　　窝阔台兀鲁思就这样结束了。40年（1269－1309年）来，窝阔台家族在它的基地塔尔巴哈台的叶密立河畔统治着中亚，并与拖雷家族的命运抗衡。

　　忽必烈的王朝，即中国的元朝，作为其他蒙古汗国的唯一的宗主而存在。北京成为远至多瑙河和幼发拉底河的世界之都。

　　关于察哈台汗国与海都的关系补叙如下。阿里布哥与忽必烈争战结束后，海都联合术赤系诸王继续与忽必烈对抗。察哈台汗国国主八喇遵照忽必烈指示，攻打海都。术赤系忙哥帖木尔派五万骑兵支持海都，结果八喇失败。术赤 察哈台 窝阔台系都想拥有河中，为了调和彼此矛盾，三方在阿姆河以东的塔喇斯草原开会，将河中分为三份。会上还决定诸王联合起来共同反对忽必烈。塔喇斯会议后，八喇和海都结为安答，他们清除了忽必烈的拥护者，并把矛头指向拖雷系的旭烈兀汗国。八喇发兵侵掠呼罗珊地区，海都派察八忒前去援助，八喇占领呼罗珊大部分地区，这时候察八忒却按海都指示离开，结果八喇被旭烈兀汗国国主阿八哈汗打得大败，只余五千骑狼狈逃回。不久八喇病死，海都把察哈台汗国交给都哇继承。海都成为察哈台汗国宗主。都哇继承汗位后，把矛头指向忽必烈和伊尔汗国。他曾占领伊尔汗国的哥疾宁(今阿富汗)，并以此为基础，几次远征印度的旁遮普和信德。