但是以吴三桂为首的反清阵营是虚弱的，内部互相利用，矛盾重重，经不起持久的军事攻击与政治瓦解。而且吴三桂一开始即在战略上犯了保守主义的错误，以致陷于被动地位。
　　
　　当他以锐不可当之势占领湖南全省时，却立即收住了攻势，不再渡江前进，扩大占领地区，乃转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果不能出湖南一步。因为吴三桂骚动的目标，即趋向在西北陕甘和东南闽浙，遂遣兵一由长沙犯江西，企图与耿精忠合；一由四川犯陕西，企图与王辅臣会合。这样一种打法，就给予康熙帝以调兵遣将、从容布置应付的机会。
　　
　　相反，康熙帝在应付这一事变中却表现出他的雄才大略。他看出主要的叛变者是吴三桂，所以所采取的对策是，坚决打击吴三桂，决不给予可以进行妥协讲和的机会，而对其他的叛变者则大开招抚之门，只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手利用汉将汉兵来应付作战，使其充分发挥作用。
　　
　　康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠先后投降清朝。次年，广东的尚之信也投降于清。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援曰削，而清岳乐之军已由江西进围长沙，其失败之势已成。康熙十七年（1678年），吴三桂已起兵6载，年已67岁，为排除胸中苦闷，乃于这年三月在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。但这是吴三桂穷蹙绝望的表现，未几即忧愤成疾，这年八月病死。吴三桂一死，其势即土崩瓦解。清军得到吴三桂水师将领林兴珠的献策，乃击败吴应麟，攻下岳州。以后占据四川，进攻云贵，主要也是依赖汉将赵良栋、王进室、蔡毓荣、董卫国等的力量。康熙二十年（1681年）冬，清军进入云贵省城，吴三桂之孙吴世藩自杀。历时8年，波及十数省的三藩之乱，终于被削平了。
　　
　　平定三藩，清廷才真正在关内完成了统一，稳定了统治权，从此之后，才建够开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
　　
　　平定三藩
　　
　　清初，平西王吴三桂，平南王尚可喜，靖南王耿精忠并列为“三藩”.在对待“三藩”撤与不撤这个重大问题上，唯有明珠与户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等极少数人，坚决主张撤藩，与帝意完全一致。康熙帝认为：“吴、尚等蓄谋已久，今若不及早除之，使其养痈成患，何以善后？况其势已成，不若先发制之可也。”
　　
　　当吴三桂发动叛乱时，朝廷有些人吓得惊慌失措。大学士索额图等人主张处死倡议撤藩的明珠等人，康熙帝严加拒绝。明珠竭诚效力，积极参与平定三藩叛乱的活动。康熙十九年闰八月，在处理尚之信属下兵丁时，给事中余国柱认为：尚之信标下官兵，应即撤回，三总兵官标下兵丁应予分散。议政王大臣会议认为：尚之信标下官兵应分入上三旗中，令驻广东，另设将军、副将军管辖。三总兵官标下兵丁，有愿为兵者为兵，愿为民者为民。康熙帝则认为：尚之信标下官兵均分八旗，另设将军、副都统管辖，分散其力量，日后或撤或迁比较容易。二总兵标下官兵仍驻广东，归将军管辖。裁去另一总兵标下官兵。他便征求明珠之意如何？明珠主张：尚之信标下官兵共十五佐领，分入上三旗，每一旗五佐领，为数不多，不必分隶八旗。以后若撤回迁移，亦不论旗分调取，有满洲大兵押送，分入上三旗办法可行。康熙帝表示同意：“既如此，不必分入八旗。尔等可改票来奏。”在处理耿精忠等人时，依照刑律应凌迟处死，其同伙董国瑞等十九人应立斩。明珠上奏：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言；耿精忠深负国恩，擅自称帝，且与安亲王内多有狂悖之语，甚为可恶。”随后又奏：“此内有陈梦雷、金镜、田起蛟、李学诗四人，犯罪固应处死，然于应死之中，尚有可宥之处。”康熙帝命议政王大臣会议集议。于是陈梦雷等四人，免死，给与披甲新满洲为奴。