吏治腐败，于谦照例出手不凡。在山西、河南任上，他规定：民间有冤狱枉屈的事，可直接到巡抚衙门申诉。于谦自己时常亲自处理，迅速予以判决。因而先后平反冤狱数百起，维护了社会正气，打压了邪气；同时，鉴于山西、河南濒临黄河，水患严重，亲督官民增筑黄河堤障，以防水患。灾荒之后，疾疫流行之际，于谦又设“惠民药局”，救治各地农民的疾病……两省因此大治。当时流行着这样的歌谣：“凶年饥岁贫无粟，处处人民皆枵腹。儿女卖与富家翁，一男止换六斗谷。春来只有四斗粮，兼粞夹糠煮薄粥。夫妻共食一月余，面渐羸皮又搭骨。引领看看作饿莩，精液耗于无泪哭。忽闻巡抚到此邦，开仓赈济饥与荒。示民出粟自捐俸，谆谆复谕富贤良。幸蒙尚义诸耆俊，贷资输谷到官仓。大家小户皆得食，顷然面色生荣光。鳏寡孤独俱有养，医药调理救灾伤。赵父杜母今复见，天遣恩官拯二方”（自《于太保萃忠全集》）。

当时，不仅贪官污吏听到于谦的名字就胆破心寒，就连盗贼响马听到于谦的名字也远远避开。史籍记载：正统五年（1440年），于谦从河南前往山西，轻车简从，夜间经过太行山时，突然遇着劫路的盗匪挥刀呼啸而来。于谦大声叱责，劫路的匪盗发觉他是巡抚于谦，迅而各自散去。《明史》云：“威惠流行，太行伏盗皆避匿。”

正统年间，宦官王振专权，作威作福，肆无忌惮地招权纳贿。百官大臣争相献金求媚。每逢朝会期间，进见王振者，必须献纳白银百两；若能献白银千两，始得款待酒食，醉饱而归。而于谦每次进京奏事，从不带任何礼品。有人劝他说："您不肯送金银财宝，难道不能带点土产去？"于谦潇洒一笑，甩了甩他的两只袖子，说："只有清风。"还特意写诗《入京》以明志：

手帕蘑菇与线香，本资民用反为殃。

清风两袖朝天去，免得闾阎话短长！

“两袖清风”的成语就是这样来的。闾阎就是里巷的意思，此句的意思是免得被人说长道短。此诗写成后远近传诵，为一时佳话。于谦如此不阿，自然引起了宦官王振的极度不满。

正统十三年（1448年），明朝边防日益吃紧，兵部事务日加繁忙，于谦奉命入京，任兵部左侍郎，期间，边防战乱不断。

正统十四年（1449年）二月，蒙古族瓦剌部落首领也先遣使两千余人贡马，向明朝廷邀赏。由于王振不肯多给赏赐，并减去马价的五分之四。瓦剌借机就制造衅端，于这年七月率大军向边境骚扰。明军的败报不断传到北京，英宗朱祁镇在宦官王振的怂恿下，率五十万大军亲征，结果在土木堡惨败，明五十万大军“死伤过半”，英宗本人也被瓦剌俘获。这就是历史上著名的“土木之变”。

尽管英宗被瓦剌俘获，他力排南迁之议，坚请固守，同时得晋兵部尚书。代宗立，整饬兵备，部署要害，亲自督战，率师二十二万，列阵北京九门外，破瓦剌之军。不久，加封少保，总督军务。英宗既归，仍以和议难恃，择京军精锐分十团营操练，又遣兵出关屯守，边境以安。其时朝野多事，乃独运征调，悉合机宜，号令明审，片纸行万里外无不惕息。因而，我们可以毫不夸张地讲：没有于谦，大明的历史有可能突然转向；没有于谦，明朝两百余年的国祚延续也无从谈起。

瓦剌进攻北京失败后，其部族首领“也先”挟英宗逼和。于谦认为“社稷为重君为轻”，坚决不同意，瓦剌被迫释放了英宗。英宗回来后，被弟弟景帝囚禁在南宫。

天顺元年（1457年），英宗复辟，徐有贞、石亨等人诬陷于谦谋立襄王之子，于谦被逮捕下狱，以和岳飞同样的罪名 “莫须有”被杀。

于谦留下的“粉身碎骨浑不怕，要留清白在人间”的著名词句，不幸竟成为他自身的写照。

1457年正月二十二，是于谦被杀的日子。于谦慨然赴死，时年六十岁。史料记载于谦被杀时，阴霾翳天，京郊妇孺，无不洒泣”，“行路嗟叹，天下冤之”。北京城内还出现了怀念于谦的童谣：“京都老米贵，那里得饭广（指范广）；鹭鸶水上走，何处觅鱼嗛（指于谦）。”就连当朝孙太后听说于谦被杀后，也嗟悼累日，“英宗亦悔之”。于谦被杀后，家属受到牵连，长子于冕充军山西龙门，于谦妻张氏发配山海关，家产也被抄没。当锦衣卫来抄于谦的家时，家中没有发现任何值钱的东西。只有正屋一间，大门紧闭，上面一把大锁牢牢锁着。锦衣卫大喜过望，忙撞门进去，但里面装的都是皇帝御赐的物件，蟒袍、剑器、圣旨等，一件一件地摆着，并没有金钱宝物之类。见此状况，就连负责查抄的官吏也涕然泪下。

成化二年（1466年）八月，遇赦回乡的于冕上疏为父讼冤，宪宗朱见深亲自为于谦昭雪，将崇文门内西裱褙胡同的于谦故宅改为 “忠节祠”，遣官祭奠英魂。宪宗亲自撰写诰语：“当国家之多难，保社稷以无虞，惟公道之独持，为群奸所并嫉。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。”

宪宗即位后，就为于谦平反，恢复官衔。孝宗即位后，又追赠其为太傅，溢肃憨，为他建“旌功祠。后神宗改溢为“忠肃”。

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