戚继光回浙不久，倭寇又卷土重来，这年冬，倭寇再度侵占兴化。朝廷急忙任命抗倭名将俞大猷为福建总兵，同时急调戚继光再次入闽。倭寇获悉戚家军前来，便于次年一月，匆匆从兴化撤出，退守兴化东南的平海卫。
　　
　　嘉靖四十二年（1563年）四月二十日，戚继光率军抵达福建渚林，与俞大猷和广东总兵刘显所部会合。二十一日夜，在福建巡抚谭纶的指挥下，戚继光为中军，刘显、俞大猷为左、右的三路大军以排山倒海之势向平海卫进攻。戚家军率先登城遭遇二千倭兵的阻击，戚继光令部队以火器反击，倭寇损失惨重，残兵退守平海卫附近的许家村。戚继光乘胜追击，俞、刘二部紧随奋进，在许家村乘风放火，许家村顿时火光冲天，倭垒化为焦土，倭寇死伤不计其数。次日又追剿倭寇一百七十余，解救百姓三千，取得了平海卫大捷。接着，戚继光又连续作战，将马鼻、小石岭等地的倭寇全部剿灭，从而结束了福建莆田地区长达九年的倭患。
　　
　　这年十月，戚继光升任总兵，领闽浙粤三省军务。此时，不甘心失败的倭寇又集结二万七千人，战船六十八艘，气势汹汹地向福建沿海杀来。戚继光带兵出击，取得水战六捷、陆战六捷歼敌三千的胜利，使倭寇遭到沉重打击。十一月七日，倭寇从东沙登陆，进攻仙游县城，建立东南西三座倭垒，将仙游围住。十二月二十五日，戚继光兵分五路，当天就攻克三座倭垒，擒斩倭寇千余人，解除了仙游之围。万余残寇流窜到惠安、晋江、同安等地。嘉靖四十三年二月，戚继光先后在王仑坪、蔡丕屹两次战斗中给倭寇的残部以毁灭性打击，肃清了倭寇在福建的势力。接着，戚继光又挥军广东，将与倭寇勾结的山寇吴平的势力铲除，结束了广东倭患。
　　
　　隆庆二年（1568年），戚继光以都督同知总理蓟州（今天津蓟县）、昌平、保定三镇练兵事务，后又为总兵官，兼镇守蓟州、永平、山海诸处，并督帅十二路军戎事，因屡立战功，万历二年（1574年）升左都督，七年加太子太保，录功加少保。为当国大臣高拱、张居正等倚重。戚继光在蓟州十六年。加固长城，筑建炖台，整顿屯田，训练军队，制订车、步、骑配合作战的战术，形成墙、台、堑密切联络的防御体系，多次击退侵扰之敌，军威大振，蓟门平静。时人誉为“足称振古之名将，无愧万里之长城”.
　　
　　戚继光在张居正死后受到排挤。万历十一年被调任广东总兵官。十三年以年老多病，谢职归家，十五年病逝，着有《纪效新书》、《练兵实纪》两部军事名着均被列为中国古代十大兵书和《止止堂集》等，备受兵家重视。浙江省台州所属古城桃渚建有戚继光纪念馆。
 

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