平叛势在必行。攻打邓坎，是由秦良玉带领500名白杆兵为主力。邓坎守将杨朝栋见对方兵力单薄，便准备一举吞灭，于是把手下 5000名精兵全部拉到阵地上，排下密密麻麻的阵式。秦良玉面对十倍于己的敌军毫不畏惧，骑一匹桃花马，握一杆长枪，威风凛凛地杀入敌阵。只见她左挑右砍，东突西冲，所过之处敌军兵士纷纷殒命。敌军潮水般涌向她把她层层包住，不料她越战越勇，所向披靡，一边砍杀周围的敌兵，一边慢慢向敌将杨朝栋靠拢。将到近前时，她一顿猛杀之后，忽地纵马腾跃，还没待四周的人看清，她已把杨朝栋抓在了自己的马背上，右手挥舞着长矛，左手牢牢制住了敌将。众敌兵见头领被擒，顿时乱了阵脚，秦良玉的白杆兵乘胜追杀，杀得5000敌兵死的死，逃的逃，溃不成军。
　　
　　对秦良玉巾帼不让须眉的英勇行为，大明总督李化龙大为叹异，命人打造一面银牌赠与时年26岁的秦良玉，上镌“女中丈夫”四个大字，以示表彰。
　　
　　攻下邓坎后，剿匪大军剩勇追寇，接着又顺利地拿下了桑木、乌江、河渡三关，直达播州外围的娄山关。娄山关是播州城外的一道天然屏障，山势高峻险要，仅一条小路通过关口，可谓是“一夫当关，万夫莫开”之地。娄山关由于道路狭窄，无法通过大批兵马，只宜智取，不宜强攻，秦良玉便帮丈夫定下了一个巧取的方案。这天凌晨，秦良玉与丈夫马千乘双骑并驰，沿正路攻向关口，只见两杆长矛上下翻飞，挡关的敌兵一一倒下，而后上的援兵也无法一拥而上。当秦良玉夫妇并肩血战、而敌兵越聚越多时，几千白杆军突然从关口两侧包围过来，敌兵猝不及防，纷纷作鸟兽散。攻下娄山关后，叛军失去了护身符，剿匪大军一鼓作气，攻陷了叛军据点播州城，杨应龙全家自焚而死，这场旷日持久的叛乱终于偃旗息鼓、灰飞烟灭了。
　　
　　平叛后论功行赏时，石柱白杆兵战功卓着，被列为川南路第一有功之军，秦良玉初次参加大战，立下汗马功劳，除受到重奖外，“女将军”的英名远播四方，闻之者无不肃然起敬。
　　
　　万历四十一年（1613年），秦良玉丈夫马千乘死于狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马千乘逮捕入狱，活活折磨而死，年仅41岁。
　　
　　马千乘冤死于狱中后，朝廷仍保留了他家石砫宣抚史的世袭职位。而这时马家的继承人马祥麟年龄尚幼，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的官职。
　　
　　秦良玉毅然接过丈夫遗留下来的千斤重担，来完成丈夫未竟的事业，继续训练白杆兵，管理石砫民众，尽心尽力，尽职尽责。
　　
　　明神宗万历末年，满人崛起于东北的白山黑水之间，以努尔哈赤为汗，建立后金，公然叛明。明神宗调集八万大军征边应敌，却不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。
　　
　　辽东情势危急，直接威胁着大明之都北京城的安全。朝廷急调全国兵马赴援，秦良玉此时已经46岁了，仍然亲自率领3000名白杆兵，连同自己的哥哥、弟弟、儿子，日夜兼程北上卫边，为国效力。
　　
　　到了万历四十八年，秦良玉的白杆兵已与后金军队打了几场硬仗，大大挫伤了后金兵的锐气。这时，明神宗驾崩，明光宗继位，光宗在位仅一个月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝宝座。