与天理教徒的顽强斗争精神形成鲜明对照的是清统治者的惊慌之态。宫廷内的后妃、皇子以及显贵大臣、武将勋戚等，平时作威作福，神气十足，然而紫禁城内的惊人之变，犹如晴天霹雳，吓得他们魂飞魄散，尽成惊弓之鸟，纷纷逃离紫禁城。直至九月十七日，皇亲国戚以及大臣、兵丁还心神未定，遇有动静，草木皆兵。
九月十六、十七两日，清军在宫门内大肆搜索，擒获30多个天理教徒。十七日早，由于叛徒告密，坐镇大兴黄村的天理教首领林清被捕。至此，天理教在京城的反清起义以失败而告终。
严酷镇压恐留后患
紫禁城之变发生时，嘉庆帝正驻跸热河。他得知消息后，惊恐万状，马上中断“秋狝行围”，“即命回銮”，于十九日回到紫禁城。对于这次事变，他一面做出姿态，下“罪己诏”，一面大骂林清和天理教徒骚扰禁城，谋危社稷，“罪大恶极”。在派兵捉拿林清的同时，又命火焚黄村，“终夜火光燎然”。嘉庆帝又多次指示内阁，对造反的天理教徒“必应详审周密，勿留遗孽”。二十三日，他亲至中南海丰泽园，当堂审讯和处死了林清和太监刘得财、刘金等人。此后又对其他被捕的天理教徒进行了长达40多天的严酷刑讯，施用了各种惨绝人寰的酷刑，最后将300多名天理教徒及其家属分别处以死刑、流徙和发遣到边疆为奴。
清廷在镇压了京畿地区的天理教起义后，又先后镇压了河南李文成、山东冯克善领导的反清起义。
林清领导的天理教徒攻打紫禁城的战斗虽然失败了，但却成为中国历史上一次惊人的壮举。紫禁城在明清两代统治者的眼里从来都是“固若金汤”的，这次居然被几十名手持大刀的天理教徒一拥而进，搅得不宁，充分暴露了清统治者的腐朽、没落。难怪嘉庆帝在谕旨和诗词中不止一次地哀叹：“我大清以前何等强盛，今乃致有此事”“从来未有事，竟出大清朝”“酿成汉、唐、宋、明未有之事”。这是清朝统治中国170多年来，最高统治者第一次对自己的统治权力产生巨大危机感的反映。后人也曾指出：“自是之后，清廷纲纪之弛废，臣僚之冗劣，人心之不附，兵力之已衰，悉暴无遗……故是役为有清一代兴亡之关键。”这充分说明，林清等人领导的这次反清起义，在嘉庆初年川、楚、陕、甘、豫五省白莲教起义的基础上，更进一步地把清王朝推向下坡路。
