第三个时期是元朝时期。元朝定都大都（今北京）后，要从江浙一带运粮到大都。但隋朝的大运河，在海河和淮河中间的一段，是以洛阳为中心向东北和东南伸展的。为了避免绕道洛阳，裁弯取直，元朝就修建了济州、会通、通惠等河，明、清两代，又对大运河中的许多河段进行了改造。下面具体介绍一下元朝开凿运河的几项重大工程：

一是开凿济州河和会通河。从元朝都城大都（今北京市）到东南产粮区，大部分地方都有水道可通，只有大都和通州之间、临清和济州之间没有便捷的水道相通，或者原有的河道被堵塞了，或者原来根本没有河道。因此，南北水道贯通的关键就是在这两个区间修建新的人工河道。在临清和济州之间的运河，元朝分两期修建，先开济州河，再开会通河。济州河南起济州（今济宁市）南面的鲁桥镇，北到须城（在今东平县）的安山，长150里。人们利用了有利的自然条件，以汶水和泗水为水源，修建闸坝，开凿渠道，以通漕运。会通河南起须城的安山，接济州河，凿渠向北，经聊城，到临清接卫河，长250里。它同济州河一样，在河上也建立了许多闸坝。这两段运河凿成后，南方的粮船可以经此取道卫河、白河，到达通州。

二是开凿坝河和通惠河。由于旧有的河道通航能力很小，元朝很需要在大都与通州之间修建一条运输能力较大的运河，以便把由海运、河运集中到通州的粮食，转运到大都。于是相继开凿了坝河和通惠河。首先兴建的坝河，西起大都光熙门（今北京东直门北面，当年这里是主要粮仓所在地），向东到通州城北，接温榆河。这条水道长约20多公里，地势西高东低，差距20米左右，河道的比降较大。为了便于保存河水，利于粮船通航，河道上建有七座闸坝，因而这条运河被称为坝河。后来因坝河水源不足，水道不畅，元朝又开凿了通惠河。负责水利的工程技术专家郭守敬，先千方百计开辟水源，并引水到积水潭集蓄起来，然后从积水潭向东开凿通航河段，经皇城东侧南流，东南去文明门（今北京崇文门北），东至通州接白河。这条新的人工河道，被忽必烈命名为通惠河。通惠河建成后，积水潭成了繁华的码头，“舳舻蔽水”，热闹非常。

元朝开凿运河的几项重大工程完成后，便形成了今天的京杭大运河，全长1700多公里。京杭大运河利用了隋朝的南北大运河不少河段，如果从北京到杭州走运河水道，前者比后者缩短了900多公里的航程。

目前国外著名的大运河有苏伊士运河、巴拿马运河、前苏联土库曼运河等。这些运河的长度不但都比我国的大运河短得多，而且也都比隋朝开凿南北大运河的时间晚1000多年。

隋唐以后的河运

隋唐时期，我国内河航运进入了一个新的历史发展时期。南北大运河在公元610年开凿完工后，大大便利了南北交通，加强了京都和河北、江南地区的水上运输。当年，航行在运河里的船从，南来北往，舳舻千里，呈现出一派繁忙景象。不过，隋朝是一个短促的朝代，开河不久就灭亡了。所以大运河的作用主要表现在以后各个朝代。