顺治元年（1644年），清承明祚，入主中原，于谦祠遂祠废像毁；光绪十五年（1889年），在原址重建。重建后的于谦祠占地约1300平方米，是一座坐北朝南带东、西跨院的二进宅院，在“巽”位建广亮大门，门楣正中悬“于忠肃公祠”木匾，大门西侧有五间倒座南房。进入大门，迎面为一座中式两底一顶的三间二层小楼，曰“奎光楼”，上悬“热血千秋”木匾，两边的楹联为：“帝念有功群小谗谋冤太惨，公真不朽故居歆记地犹灵。”“奎光楼”的二层为“奎星阁”，是应试举子祈求“魁星点斗，金榜题名”的地方。1976年，唐山地震，波及北京，于谦祠内的奎星阁被震毁，随后，小楼被拆除。于谦祠的正院为二进，外院由五间倒座南房与五间过厅组成；里院有正房五间，东、西厢房各两间，正房五间为享殿，内供于忠肃公塑像。

院内房屋均为青砖到顶的清水墙体，清水脊合瓦屋面，更像民居和会馆。实际上于谦祠也发挥过会馆与民居的作用。《天咫偶闻》载：“于忠肃祠，在裱褙胡同。芜废已久，近始重修。浙人逢春秋闱，居为试馆。”这大概就是于谦祠内建有“奎星阁”的缘故吧。时势变迁，斗转星移，于谦祠也曾长时间作为民居，而且成为过“大杂院”。

1984年，于谦祠被公布为北京市文物保护单位。目前，于谦祠已被修葺一新，住户也已被迁出；但因其南侧新建楼房尚未完工，被围挡在工地中的于谦祠便由施工单位使用了。

（责任编辑：抱抱熊）