由于与那国岛与台湾岛地理位置极为接近，当年美军将琉球“行政权”转给日本时，曾以东经123度划分台湾与日本的防空识别线。该防空识别线一直沿用至今，造成与那国岛上空2/3的空域为台湾空军防空识别区，1/3的空域为日本西南防空识别区的特殊现象。所谓防空识别区，是出于防空需要而设定的空域，并不是由国际法规定的对象。日本飞机通常需要进入台湾防空识别区后，再降落与那国机场。

按说这种现象存在几十年，双方相安无事，如今却引起了日本军事专家的不安。一位名叫平松茂雄、在媒体出境率很高的军事专家在论证日本派兵与那国岛的理由时就说，“中国声称台湾是其领土，如果将来台湾与中国统一，与那国岛的情况又将如何？防卫相关人士必须思考这一问题！”在他看来，如今日本与台湾在与那国岛上分享防空识别区已经不再安全。

　　为了严防中国潜艇突破第一岛链，经过数十年的建设，日本已经在北至鹿儿岛、种子岛，南至冲绳群岛，西至石垣、西表岛一线构筑了一条新月形反潜封锁链。有军事专家指出，台海形势缓和后，日军显然希望亲自堵住与那国岛这一“漏洞”。岛上的机场及港口，将使得日本能够将原本驻扎于冲绳的日本P-3C巡逻机、水声探测船前出近500公里，大大增强其对大陆海军舰艇的监视力度。

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