程朱理学在明初被树立为官方意识形态后，一直占据思想界的统治地位，这种状况一直持续到明中叶。弘治年间，王阳明创立“心学”，标志着理学统治地位的瓦解，由孔子创立的儒学进入一个新的发展阶段。

最著名的一个故事是这样的：阳明与一友人出游，友人指着山中的花树诘问阳明：“天下无心外之物，如此花树，在深山中，自开自落，于我心何相关？”阳明回答说：“尔未看此花时，此花与尔心同归于寂。尔来看此花时，则此花颜色，一时明白起来。便知此花，不在尔的心外。”这样，阳明就把“心”提高到一个前所未有的重要位置。他直截了当地说：“人者，天地万物之心也；心者，天地万物之主者，心即是天，言心则天地万物斯举矣。”他进一步说：“心外无物，心外无事，心外无理，心外无义，心外无善。”这就是说，万物都是由人心派生出来的东西，只有用心去观照时它们才会真正存在。这样，“心学”就完成了对理学“天理至上”的颠覆。

很多人以为“心学”与理学是针锋相对的，其实不然。例如阳明说：“心即理。”他并不否认理的存在。他也不反对格物穷理，他说：“区区论致知格物，正所以穷理，未尝戒人穷理，使之深居端坐而一无所事也。”从这个意义上说，“心学”的产生是为了理学的振衰起弊。那么二者的根本区别在哪呢？《传习录》二云：“物理不外于吾心，外吾心而求物理，无物理矣；遗物理而求吾心，吾心又何物邪？”可见，阳明认为，理是存在的，但必须由“心”里去求，也就是说，心先于理，按阳明的意思，心不仅先于理，心还先于万物。我们可以拿阳明论君臣伦理的话看出二者的区别。《传习录》云：“有孝亲之心，即有孝之理，无孝亲之心，即无孝之理矣。有忠君之心，即有忠之理，无忠君之心，即无忠之理矣。理岂外于吾心邪？”就是说，有心才有理。而按照朱熹的话来说，则是“一切理都是永恒地在那里，无论有没有心，理照样在那里。”（冯友兰《中国哲学简史》）这样，我们就可以清楚地看到二者的区别。