刚到敦煌的时候，张大千和谢稚柳还在，后来谢稚柳先走了，张大千临走时对常书鸿说：“这是一个长期的——无期的徒刑啊！一定要坚持在敦煌留下来。”

 

忍受着生活上所有的不便，常书鸿就这样和最早有志于敦煌艺术事业的人员一起，开始了艰苦的拓荒。但是，背叛从一开始就存在。一名从重庆跟来的摄影师拍摄了许多壁画照片，还有一位“教授”抄录了一些供养人题识，都席卷而走了，他们靠着这些在外面招摇，那批照片现藏在美国某博物馆。

 

但是，一心投入工作而忽视了家庭的常书鸿却怎么也没有想到，背叛在自己的家庭居然也发生了，他的妻子以去兰州治病为名出走了，丢下了两个子女。妻子走前，常书鸿还写了好多信，托朋友沿路照顾她，直到出发后他才得知了情况，知道妻子再也耐不住敦煌的犹如修道士般的艰苦生活，已打算不再回来了。

 

常书鸿遭到了人生中第一次最重大的打击，心情悲痛欲绝，他策马狂追，跑了200多公里，昏倒在戈壁滩上，被在玉门找矿的地质工程师孙建初和一位老工人救起。抢救了三天，常书鸿苏醒以后，理智重新占了上风，他毅然选择了事业，又回到了敦煌。

 

常书鸿的女儿沙娜出生在巴黎，这时已14岁，母亲出走以后，她中止了在酒泉中学的学习，一方面带养弟弟，一方面跟着父亲学画，参加了敦煌壁画的临摹工作。她与父亲的临摹作品和画作在兰州展出，获得极大成功，被一位来自美国的加拿大人叶丽华女士看中，并热情邀请沙娜到美国学习美术。几年后，沙娜学成归国，以后长期出任中央工艺美术学院院长，成了很有声望的艺术家。儿子嘉陵从小跟随父亲，把自己的前途也献给了敦煌。

 

常书鸿曾画过一幅全家自画像，一家三口，显得多么和美。前妻陈芝秀是一位留法雕塑家，听老人们说，陈芝秀的性格其实挺好，待人和气，乐意助人，她只是实在不能忍受敦煌的生活条件和枯寂，也不能体念身负重任的丈夫。她曾劝常书鸿放弃敦煌事业，为此两人经常争吵。作为母亲，丢下两个孩子，陈芝秀心中也非常不忍。离开敦煌后，她过得并不好，先是在浙江老家当了一名中学美术教师，后因她曾到法国留过学，被认为历史复杂而清理出教师队伍，以致穷愁终生，只有女儿沙娜时常接济她。陈芝秀给女儿留下的最后一句话是：“一失足成千古恨！”

 

1945年春，常书鸿委托已离开研究所的原总务主任张民权在重庆举办了一次临摹品展览，希望扩大敦煌的影响，得到社会更多的帮助和支持。当常书鸿正梦想着如何继续并扩大敦煌事业时，却祸不单行。这年7月，常先生接到教育部的通知：撤销敦煌艺术研究所，将石窟交给县政府管辖，停止拨给经费。这意味着研究所无法再继续下去了！这无疑是又一次惊天霹雳般的打击，常书鸿枯坐无语，泪流满面。他的学生们只得怀着遗憾和愧疚纷纷离去。

 

只有常书鸿仍然坚守在敦煌，他想起了两年多前离开重庆时朋友们和张大千临走前的嘱咐，决定自动延长他的“刑期”，于是，常书鸿踏上了东去求援的旅程。

 

常书鸿风尘仆仆回到重庆，几经周折找到了中央研究院院长傅斯年。傅斯年给了常书鸿极大的鼓励与支持，决定将敦煌艺术研究所作为中央研究院的一个分所，解决了经费、编制等问题，甚至还给了一部十轮大卡车。

 

与此同时，张民权也传来了好消息，说敦煌临品在重庆的展览获得了意外成功，还说周恩来、董必武、林伯渠、郭沫若也参观了展览。常书鸿还收到了许多支持的信。