到了宋代，程、朱等理学家们吸收与改造佛教特别是华严宗和禅宗的精巧完整的世界观和认识论，以及道教的宇宙化生说，从本体论、宇宙论方面为儒家的人性论、伦理学建构抽象的哲学基础，终于形成了中国思想史上规模最为宏大严整，分析最为细致精密的思辨哲学体系——“理学”。朱熹说：“宇宙之间，一理而已，天得之而为天，地得之而为地，而凡生于天地之间者，又各得之以为性，其张之为三纲，其纪之为五常，盖此理之流行，无所适而不在。”（《朱子文集》卷七十）这里的“理”是与万物同存，但在逻辑上先于、高于、超越于万事万物的本体存在。但是，朱熹又认为“理”也有与经验事物相联系的自然规律与道德标准的意义。他说：“如阴阳五行错综不失其序，便是理。”（《朱子语类》卷一）“理则为仁义礼智。”（《朱子语类》卷一）这就是说朱熹看作本体存在的“理”并不象康德的“绝对命令”那样是不可解释、无所由来的先验的纯粹形式，而是与人的感性存在、心理情感息息相通的。“理学”的这种理性虽未能发展为西方哲学那种纯思辨的理性，但它毕竟具有许多思辨性的内容。

日本的儒学则有所不同。除了《古事记》和《日本书纪》受到中国《易传》和《淮南子》等的影响，曾对宇宙生成及其演变次序进行过推测之外，奈良、平安时代的早期儒学主要表达的是儒家的政治思想，罕见有关世界观的抽象思考。

在镰仓、室町时代，朱子学虽已传入日本，但它是佛教的附庸，也罕见儒学的独立的抽象世界观思考。在室町时代后期，儒学教育机构足利学校虽曾以易学作为教学重点，但是，所进行的易学教育，与其说是作为儒学世界观的易学，莫如说是作为占卜的易学。足利学校的不少毕业生利用其所学的易卜知识，为战国大名布置军阵和攻守进退作占卜，实际上发挥了军事顾问的作用。这些儒学者并无兴趣进行世界观的抽象思考。

进入江户时代，日本儒学摆脱佛教而独立，这为日本儒学者展开独立的理性思维创造了条件。然而，日本的儒学者尽管接受了具有强烈思辨性质的中国宋明理学，并对其表示了一定程度的理解，但是，宋明理学中思辨性最强的本体论在他们的思想体系中未能占有重要地位。即使是接受了“理”这一范畴，他们也更多地将其理解为与经验事物相联系的自然规律与道德准则，而不大将其理解为形上学的世界的本体存在。