公元200至581年间为中国的中世纪，在文化及科学等方面都有重要发展。东汉灭亡，军队强权在各地割据一方。在这段期间，南方比北方相对稳定及文明。同时佛教在全国迅速传播，北魏时期更大力提倡佛教以稳定政局。佛教的流传使到印度文化传入中国。结果有关数学、天文及医学知识发展兴盛。医药学得到全面的发展，在汉代的基础上，广泛总结经验，出现了大量的医学著作，特别是脉学、针灸学、本草学及方剂学方面。

医学教育

这个时期医学教育水平已提高。公元443年南朝宋文帝时，太医令秦承祖要求朝庭派医官培训医学生以广传授，此属朝廷指派医师教育中医的创举。虽然皇家学院早已在公元前124年成立，但其时主要教授文学、哲学及行政等，很少关于医学。然而在公元493年，皇家学院已扩充，置有中医学博士及助教。

针灸医术

针灸疗法在中国很普遍，是中国的物理治疗，源于古人发现利用石针刺压，可以有效地缓解身体的疼痛。先前描述的多位医师如扁鹊、张仲景、华佗及樊阿都因此疗法而闻名。《黄帝内经·灵枢》亦有记载有关针灸医术的应用。