长城以北号称塞外，从来没有天花，而清军平叛过程中，天山北部流行天花。厄鲁特牧民大量出痘而死，或因避痘外迁，或避乱外逃，造成当地人口锐减。清人魏源说：“计数十万户中，出痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克者十之三，率歼于大兵者十之三，除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编成佐领昂吉，此外数千里间，无瓦喇一毡帐。”魏源的说法基本反映了人口下降的情况，但有些事实要予以澄清：1.清军入伊犁之前若干年，北疆牧区厄鲁特四部因争夺汗位，互相残杀，人口实际已处于大量下降阶段；2.乾隆继位之后，厄鲁特蒙古不断地内逃，历史上此类记载甚多；3.有些厄鲁特牧民被清政府迁移内蒙古地区居住，像杜尔伯特三车凌部，达什达瓦部就是如此，这种减少和战乱死亡不可同日而语。

乾隆在新疆实行屯田，就是为了解决人口锐减问题而采取的必要措施。清统一新疆以后，北疆成为国防最前哨，恰巧又和最富侵略心的沙俄为邻。沙俄一贯积极支持准噶尔政权分裂祖国的活动，甚至收留阿睦尔撒纳，因其出痘身亡才将尸体交给清政府。对于沙俄的居心乾隆是非常清楚的，只有派重兵守卫以伊犁为中心的北疆地区，才能有效地阻止沙俄对中国领土的蚕食。北疆人口稀少，给大批驻兵带来很大困难，军粮没有保证，其他后勤支援更谈不上，就是从新疆最近的甘肃省调拨粮食，运至伊犁也有数千里之遥。长途运输，民力艰难不说，甘肃地瘠民贫，本省经常仰赖陕西粮食，实际上是无粮可调。若从内地供应，财政负担势必激增，清政府与准噶尔对峙近七十年，每年在西北地区耗掉了大量军费，乾隆下决心解决准噶尔问题，正在于一劳永逸，彻底摆脱军费负担。既不能增加财政负担，又要巩固西北国防，在他看来，舍屯田别无出路。

新疆北部的屯田，乾隆以前就已有之。“新疆屯田，始康熙之季，察罕诺尔地驻兵，因于苏勒厄图、喀喇乌苏诸处创屯种，令土默特兵千，每旗一台吉，遣监视大臣一人。而哈密、巴里坤、都尔博勒及西吉木、布隆吉尔等，咸议立屯，命傅尔丹、苏尔德、梁世勋分职其事。”《清史稿?食货一》，卷120。那时的屯田，仅是清政府解决军粮不足的辅助手段。乾隆二十三年(1758年)，清军平定阿睦尔撒纳的战争接近尾声，大批绿旗兵退出战场成为闲员。当时清军粮食不足，杂以羊只供应，很多羊死于驱赶途中。乾隆想到不能让这些脱离战斗的绿旗兵坐耗军粮，就命令驻守巴里坤的参赞大臣永贵率领绿旗兵，“广为垦种，以裕军食”。永贵组织绿旗兵在乌鲁木齐、辟展、托克三、哈喇沙尔、罗克伦、昌吉等处开荒种地。据永贵报告，当年参加种地的士兵三千六百名，开荒二万九千三百亩，秋收得粮三万五千八百石，为往年三倍以上《清高宗实录》，卷559，19页。。乌鲁木齐周围地区类似的屯田兵最多时有一万三千四百名。乾隆认为这些屯田兵“多系闲住，不妨暂令乘时布种”，仍是作为解决军食的临时手段。将屯田作为保卫边防、开发新疆的主要措施是在清政府平定回部之后开始的。