朱元璋在占有江南地区后开始整编军队，规定每10个士兵组成1个“小旗”，5个小旗组成1个“总旗”，两个总旗组成1个百户，10个百户组成千户，5个千户设1指挥。

建立明朝后根据刘基的“军卫法”建议，各省设都指挥使统辖驻军，以下分设卫、所。每卫编制5600人，设置指挥；卫下辖5个千户所，每所1112人，设千户；千户下辖10个百户所，每所112人，设百户；百户下辖2总旗；总旗下辖5小旗。

和以前的朝代一样，明代这套卫所制的军队编制也没有贯彻始终，到了明中期后，明军的编制又随着募兵制的盛行而发生变化。而且这种新的编制因为募兵常常是由各地将领在本镇（相当于军区）组织的，全国并不统一。朝廷直接指挥的“三大营”开始采用“营”为基本编制，回到过去宋代的编制。营设参将，以下仍然沿用小旗、总旗、百户的基本编制。

在福建、浙江编制的抗击倭寇的军队，则以5进位制，5人为伍，5伍为甲，5甲为队，若干个队组成营，若干个营组成镇。戚继光的“戚家军”则又不同，5人为伍，2伍为队，4队为宗，5宗为哨，4哨为营。戚继光在蓟镇组编的军队，又采用3进位制的编制：12人组成“队”（分为杀手队和鸟铳队，前者以近距格斗为主，2名圆牌手、2名狼筅手、2名长枪手兼弓箭手、2名钯手兼火箭手、2名大棒手兼弓箭手、1名火兵和1名队长混编；后者10名鸟铳手和1名火兵、1名队长），3队组成1旗（设1名旗总，共37人），3旗组成1局（设1名百总，共112人），3局组成1司（设1名把总，共449人），2司组成1部（设1名千总，共899人），3部组成1营（设将官，共2699人）。

满族军事实力在关外逐渐壮大的同时，开始建立八旗制度。其兵民合一、平战一体的基本编制是10人为1队，若干队组成“塔坦”（村落，设章京），4个塔坦组成1个“牛录”（以300人为标准，设佐领），5个牛录组成1个“甲喇”（设参领），5个甲喇组成1个“固山”（即“旗”，设固山额真，即旗主）。牛录为基本战术单位，固山为战略单位。这套编制后来推广于蒙古八旗和汉军八旗，但实际往往并不足额。比如蒙古、汉军八旗不到300人就可以编为牛录。入关后八旗兵长期维持这一编制体系。

作为清朝入关后主要军事力量的绿营兵，是由入关时逐步收编投降的明军组成的，而明末军队已不复有全国统一的编制，绿营兵的编制开始就很混乱。以后又因为满清统治者视绿营兵为治安军，并不以提高战斗力为编制原则，因此绿营这种混乱的编制长期保留下来。