攻陷安庆后，曾国藩指挥三路大军围困天京，在安庆杀红了眼的曾国荃率湘军主力中路突进，另外左宗棠和李鸿章率两路偏师分别从南路和东路进行包抄。面对天京危局，李秀成仍旧转战苏南，并在上海附近和洋枪队发生激烈冲突，一直等到洪秀全严诏才回到天京。

　　1862年5月底，湘军水陆并进，直抵天京城外。湘军陆师扎营于雨花台，直插天京的心脏；水师由湘军才子“雪帅”彭玉麟率领，镇守河口，卡住天京的脖子。而此时回援的太平军虽然数量众多，但大都是新兵；没有经验，也没有激情，正如湘军幕僚王闿运在《湘军水陆战纪》里说的：“(太平军)罕搏战，率恃炝声相震骇，比于初起时衰矣！” 此时的太平军，已经是暮气沉沉了。

　　随后的雨花台之战，可以清楚的看到双方“势”的转移。湘军虽然人数少，但准备充分，在水师的辅助下，粮草充足，器械精良，势在必得。尽管太平军一批又一批的连续冲杀，湘军始终巍然不动。主将曾国荃甚至在左腮中弹、满脸是血的情况下，仍旧骑马在湘军各营垒中来回驰骋，指挥并鼓舞手下的士兵拼死顶住太平军排山倒海般的进攻。在最危急的时候，湘军和太平军更是近身赤刃格斗，杀得营垒里尸横遍地，血流成河。但最终还是湘军取得了胜利，李秀成见久攻不下，只好放弃进攻后进入天京。

　　在天京被围的时候，东南战场也是恶讯频频，李秀成打下的常熟、太仓、昆山等相继陷落，李秀成心里着急，请求去苏州救援，但洪秀全怕他远走高飞，就扣下他母亲和妻儿子女作为人质，并要求交银十万两助饷。当时围困苏州的有李鸿章的淮军三万人、戈登的常胜军三千多人和中法混合军(常捷军)四百多人，力量远胜于太平军，虽然后来李秀成亲临苏州指挥，但还是无济于事。洪秀全不久又以天京事急为由召回李秀成，苏州也随即发生叛降事件，苏州太平军的主将也是李秀成的部下慕王谭绍光，被纳王郜永宽等人所杀，苏州于1863年底被攻破。

　　在苏州陷落的时候，李秀成向洪秀全提出“让城别走”。但洪秀全听后勃然大怒，严厉斥责道：“朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖乎？”

　　后人一直疑问洪秀全为什么不肯离开天京，据笔者的揣测，假如洪秀全撤出天京，路途劳顿不说，也许会死得更快。洪秀全作为一个神秘的精神领袖，要是在逃难中被“臣民”们看见天王也不过如此，人心必然涣散，倒不如困守天京，至少还可以“天京城在”的精神相号召；再者，洪秀全要是离开天王府这个安乐窝跟随大部队逃难，很难保证不被李秀成这样的军事将领挟裹，弄不好乱军当中身首异处，也不是不可能的。

　　李秀成带领剩余的太平军悉数进入天京城后，已成瓮中之鳖。天京被围后，粮食锐减，天王此时只得号召大家以“甘露”为食。何谓“甘露”？就是各种野草。在湘军日逼日紧的形势下，城内的一些人开始为自己作打算了，松王陈得风、吏部尚书朱兆英等人即暗通湘军，以求自保。

　　1864年5月30日，五十二岁的洪秀全撒手西去，据说是因为食用“甘露”慢性中毒而死。临死前，天王还幽默了一把，“朕即上天堂，向天父、天兄领到天兵，保固天京”。洪秀全死后，十六岁的儿子洪天贵福继位。这可怜的小东西，虽然很早就有了四个王妃，但估计还没来得及享福，就要面对天京城破后的悲惨命运了。