另一个理学影响医学的重要特征就是学派的纷涌和争鸣。在宋代，除濂、洛、关、闽四大主要的理学流派以外，还有王安石的“新学”、邵雍的“易学”；司马光之“朔学”、以苏轼为首的“三苏”的“蜀学”，还有张栻为代表的湖湘学派、陆九渊（象山）所代表的“心学”、陈亮的永康学派和叶适的永嘉派等。宋代理学的发展不仅促进了金元时期医药学的进步，而且直接带来了医学内容的巨大变革，并且连理学内部学派争鸣的特点也被金元医学保留了下来。为此，清代学者纪晓岚在《四库全书总目提要·医家类》指出：“儒之门户分于宋，医之门户分于金元”。这种自理学而医学的影响是不言而喻的。可以说，历史上学派的更迭与传承成为中医药学术思想发展的主线，学派纷呈也同样是中国理学发展的一大特点。

承袭朱丹溪正传的有王履、戴思恭，沿至明代的王纶等，私淑者有万全（密斋）、汪机（石山）、赵献可、虞抟、易大艮、周慎柔等，皆为医学大家。王履（安道），其治学本于丹溪“一断于经”之旨，即证诸实践作为“断经”的根据，但又不囿于经，敢于发表自己的见地。明代徐春圃《古今医统》誉其为“学究天人，文章冠世，极深医源，直穷奥妙。”《四库全书总目提要》中称其“汇通研究，洞见本源，于医道中实能贯彻源流，非漫为大言以夸世也。”王履不仅是一位出色的医学家，还是一位文学家和艺术家，他创作的“华山图”是中国画界的名画；同傅山的书法一样，名闻华夏。另如戴思恭（元礼）也是朱丹溪的直传弟子，医学成就很高，做过明代的太医院使。他对情志发病描述是“七情之交攻，五志之遽发”，他在朱氏传承的基础上提出：“捍卫冲和不息之谓气，扰乱妄动变常之谓火”，极大地丰富了临床气血痰郁火证的理论与治疗。

任应秋先生说：“要提出自己的见解，才是善于学习的人。”当前，以中医疾病为主体的研究，尽管在具体病的诊疗方面有所猎获，然对于初学者或基础不实者仍犹如雾里看花，且容易产生误导；因这种方法没能按照中医学术的源流进行发掘，会使整个学派的学术体系产生某些支离。另外，在中医经典研究的基础上进行专题发挥，如专病以及专方专药的探讨，最后并没能回归到中医理论研究的路线上，进而上升到科学理论创新的高度。即使有高新技术的引入，但只能说是“往而不来”，所以科研方面收效不大。

中医各学派之间也是正常竞争、相互补充、彼此互证的关系，决不该是囿于门户、水火冰炭式的隔绝与封闭。自古而今，中医学派具有继承性、创新性、全面性、互补性和连续性的特点，因而往往在学派内部产生出深刻的继承与创新。这也是中医学有别于西医学的根本特点之一。

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