由于当时社会阶级矛盾的空前激化，张角便用太平道这一宗教形式，以传教为名在农民中组织起义，利用道教这一组织领导农民起来造反。他按照军事编制，将起义农民分为三十六方。据《后汉书·皇甫嵩传》记载：“方，犹将军号也。大方万余人，小方六七千，各立渠帅。”设置将帅统率各方。利用谶语“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”作为起义的口号。所谓“苍天”，是指汉王朝；“黄天”，是指黄巾政权。意即代表汉王朝的“苍天”已经死了，将出现另一个代表农民利益的“黄天”主持世界。“岁在甲子”，指汉灵帝中平元年，即公元１８４年。“天下大吉”，指这一年各地教民同时起义，推翻汉王朝的反动统治之后，代表农民利益的黄巾政权成立，天下就太平了。张角教他的信徒在京城和各州郡的一些官府门上，都用白土写上“甲子”二字，作为起义的信号。中平元年，又派大方帅马元义等往来京师，收买宦官封谞、徐奉等人为内应。又准备调距离洛阳较远的荆、扬二州的信徒数万人，先集中到起义的中心地点邺城，作为起义军的主力，配合洛阳附近的各州郡起义军。约定甲子年（即公元１８４年）的甲子日（即三月五日），京城内外，同时起义，一举攻下洛阳，推翻汉王朝的反动统治，建立代表农民利益的黄巾政权。不料离约定的起义日期还差一个多月的时候，张角的一个弟子济南唐周便向汉灵帝上书告了密，于是马元义在洛阳被捕，“车裂”牺牲，京城内的太平道信徒一千多人亦同时被诛杀。

汉灵帝还命令冀州官吏追捕张角。由于叛徒出卖所引起的这一突然事变，打乱了张角原来的起义布置。张角闻讯以后，马上派人昼夜兼程飞告各方，要他们立即起义，向封建统治者发起进攻。起义人员皆著黄巾，以为标志，因之被称为黄巾军。张角自称天公将军，角弟张宝称地公将军，宝弟张梁称人公将军。兄弟三人起义以后，烧官府，杀官吏，攻破地主坞壁，州郡长官纷纷逃窜，封建统治集团被打得落花流水。旬日之间，各地黄巾军象暴风骤雨一般起义响应，全国都沸腾起来了。汉灵帝赶快召集群臣会议，商讨镇压黄巾军的办法。汉灵帝接受皇甫嵩的建议，解除党禁，大赦党人，以缓和统治阶级内部的矛盾，把整个统治阶级的一切力量都动员起来。“于是发天下精兵，博选将帅”，以大豪强出身的皇甫嵩、小豪强出身的朱儁为首，统率董卓、曹操、刘备、孙坚、卢植、冯翊、郭典等，向黄巾军进攻，对黄巾军展开了极其残酷、极其野蛮的血腥大屠杀。每一郡被他们屠杀的黄巾军，至少都是数千人。