抗日战争爆发后，熊十力并没有随北大南迁昆明，而是先回原籍黄冈，继则避难四川，任教于马一李主持的乐山复性书院，讲授宋明理学。此时的熊十力，虽身处后方，却痛感外侮日迫，族类益危，常因想起沦陷区同胞之苦辱而禁不住失声痛哭。为此，他撰写了《中国历史讲话》一书，大讲汉、满、蒙、回、藏五族同源，意在为各民族团结一心、共同抗日提供理论与历史依据。

1943年，他接到北大校长蒋梦麟聘他为文学院教授的聘书，并被特准可暂时不到校上课。此间，因与马一浮先生学术见解不合而移居梁漱溟在重庆北碚的勉仁书院。值此民族危亡之秋，熊十力将其满腔真情都倾注在中华文化的存亡绝续之上。

他认为，一个民族要生存下去，必须要有自己的哲学，自己的文化。为此，他开始投入更多的精力研究儒家学说，并写成《读经示要》等关于儒学的著作。他对胡适等人“全盘西化”的主张多有批判，但又不沉迷于圣贤经典之中，而是对传统儒学作较彻底的反思，并吞吐百家，融铸儒佛，独创一思辨缜密的中国化的哲学，1944年，熊氏《新唯识论》语体文本杀青付梓，由重庆商务印书馆作为中国哲学会中国哲学丛书甲集之第一部著作出版。此书是熊氏最主要的哲学著作，它标志着熊十力哲学思想体系的完全成熟。如果依据文言文本尚可把熊氏看成“新佛家”学者的话，那么，以语体文本为界，则应当视其为“新儒家”学者。此书与稍后出版的《十力语要》、《十力语要初续》等书一起，构成了熊十力新儒家哲学思想的主要内容。

熊十力主要的哲学观点是：体用不二、心物不二、能质不二、天人不二。他所谓“体”是“心体”、“性体”，即人的生命存在的本体、宇宙万物之本根及其生生不息的源头活水，在一定意义上也是道德的本体和道德的主体。所谓“体用不二”，也就是肯定生命的意义和人生的价值，是为了在物欲横流的世界重新寻找“人生本质”和“宇宙本体”。熊氏认为，吾人与天地万物所同具的仁心本体，内蕴着极大的力量，可以创造出、生化出整个人文世界。他高扬了仁心本体刚健、创生的特质，实际上是以积极的人生态度、生命意识和人本精神去面对世界，创造世界，同时又主张不被人们创造出来的物质世界和人文建制所异化、所遮蔽，以致忘却、沦丧了人之所以为人的根基。

熊十力是我国现代哲学史上最具有原创力、影响力的哲学家。他奠定了现代新儒学思潮的哲学形上学基础。他的“体用不二”之论，成为整个当代新儒学思潮“重立大本、重开大用”和“保内圣，开新外王”的滥觞，亦成为这一思潮的基本思想间架。熊十力的全部工作，简要地说，就是面对西学的冲击，在儒学价值系统崩坏的时代，重建儒学的本体论，重建人的道德自我，重建中国文化的主体性。他的学生唐君毅、牟宗三、徐复观正是在他的精神感召之下，沿着他开创的精神方向和他奠立的形上基础而加以发挥、扩展、深化、扬弃的。学界把他们师徒视为现代新儒学思潮的中坚。

纵观熊十力哲学，大致经历了由融儒入佛到儒佛同参，再到融佛入儒、归宗儒学的演进历程。其一生为学，融贯中西，平章华梵，摒弃陈说，绝少依傍。其“新唯识论”哲学思想体系建构宏伟，构思奇巧，富有创发，独具特色。他是新儒学发展历程中，继梁漱溟之后，极具开创性的一代大师。其哲学思想虽有不少局限，但他以其广阔的文化视野、独具的哲人慧思，提出并力求解决的人生问题与文化问题，诸如人的终极关切、人与自然的关系、人的困惑和疏离等，仍是人类现在乃至以后所面临而必须解决的问题，而他凭着对生命存在的独特体验，所作出的对人的内在的道德自觉、价值自觉、文化自觉的阐扬，又为世人开创了一条探寻价值的新路，而具有普遍的世界意义。正因为如此，熊十力的哲学思想才在海内外学术界引起越来越广泛的注意和重视。

1966年夏，当熊十力在《人民日报》上看到《横扫一切牛鬼蛇神》一文时，伤感至极，他痛彻地感到：不但他的书无法再写下去，更悲惨的是，连同他所承继的国学亦将濒于绝灭，国家民族将陷入苦难的深渊。家被抄了，人被批斗，人妖颠倒，是非不分，天昏地暗，万物萧杀。处此艰厄之境，他的精神再也无法承受而渐至错乱。他不断地给中央领导人写信，硬让家人寄出去，还经常写很多小纸条，甚至在裤子上，袜子上都写着对“文革”的抗议。他常常穿着一件褪了色的友布长衫，扣子全无，腰间胡乱地扎一根麻绳，独自一人到街上去或公园里，跌跌撞撞，双泪长流，口中念念有词“中国文化亡了！”“中国文化亡了！”然而，街市熙攘，人皆自危，没有人来理会他，也没有人对他口中所念有丝毫的惊异。于是，这位旷世奇哲和千千万万的文化人一样，被残酷地淹没在一个残忍地践踏文化的所谓“文化大革命”的浊流之中。

1968年5月23日，熊十力因患肺炎而心力衰竭，在上海虹口医院病逝，享年84岁。

熊十力著作主要有：《与友人论张江陵》《新唯识论：语体文本》《十力语要初续》《明心篇》《乾坤衍》《中国哲学思想论集，现代篇》《体用论》《明心篇》《新唯识论》《佛家名相通释》《论张江陵》《论六经》《摧惑显宗记》《孔子文化大全第2种，论著类》《熊十力集》《存斋随笔》《体用论》《现代新儒学的根基：熊十力新儒学论著辑要》《中国现代学术经典，熊十力卷》《十力语要》《十力语要》《大海与众沤：熊十力集》《熊十力学术文化随笔》《熊十力全集》

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