不幸的是，他们的开拓性工作从一开始就很有争议。论战与日俱增。包括编译者在内的一些人认为，中国经典翻译以后不应与基督教教条相背；教会中的一些反对者则认为，这些耶稣会会士们正在放弃他们信仰中的基本观点，试图与中国的迷信调和，但徒劳无功。

其它早期译本也许就是因为这一争论，使得《论语》的拉丁文译文没有立即被译成其它欧洲文字，更广泛地传播开来。可以算作《论语》和其它儒家著作译文的有法文版《中国哲学家孔子的道德箴言》(1688年)和英文版《中国哲学家孔子的道德箴言－孔子活跃于我们的救世主耶稣基督到来的500年前，本书是该国知识遗产的精华》(1691年)。但是，这两本书事实上都不是孔子论述的翻译，它们只是拉丁文版本的概要。尽管书中相当详细地论述了《中庸》和《大学》，但是对于《论语》的处理则很草率。在这些概要中，《论语》被处理成一系列道德说教，没有明确表现出孔子本人的个性。它们表现为80条短小而无趣味的“箴言”，任何人读了以后都不会想作深入的了解。除了1687年的完整拉丁文版本，要想了解《论语》的精妙之处，只有是阿姆斯特丹出版的法文月刊《世界和历史文库》的订阅者了。在该月刊1687年12月这一期上，刊登了新教学者让·勒克莱尔的一篇关于《中国哲学家孔子》的书评，长达68页，十分引人注目。勒克莱尔对该书的内容作了细致的概括，并在评论的最后附上了他从拉丁文转译成法文的《论语》中16段译文，还注意涵盖十卷中的各卷，附上拉丁文的译文。勒克莱尔对《论语》中所包含的孔子的广泛而丰富的思想以及关于孔子生平的信息产生了深刻的印象，但是他仍持以保留态度，认为耶稣会会士编纂者们模糊了孔子论述本身和在同一段落中出现的评注。使勒克莱尔感到遗憾的还有，书中没有汉字，使得读者不能区别正文和评论。

勒克莱尔的分析似乎没有在英国引起什么影响。继《中国哲学家孔子的道德箴言》的一个歪曲缩短的版本（1724年）以后，孔子的论述被变形为类似于奥立弗•哥尔德斯密斯和霍勒斯·沃波尔作品的一种模拟文。19世纪初，新教传教士们重新回来从事《论语》的翻译工作，他们的译著被美国作家爱默生所知，并由他介绍给了作家梭罗。但是，从学术的角度来看，这些19世纪初的版本都是不完全的。它们或者由于编纂者们对汉语知识的不足而被曲解，或者由于他们的宗教目的而混淆。在传教士学者麦华陀于1840年完成的一个独特的版本中，《旧约》和《新约》的段落被插入于《论语》之中，以引出有关的道德和宗教意义。