采用伯克制度，是因俗而治的基本内容。南疆地区经济是依赖绿洲农业生存的，维吾尔族在片片绿洲上筑城居住，西汉时西域有三十六国，东汉有五十五国，皆指城数而言。各城城主就是兆惠所讲的阿奇木伯克。乾隆与大臣们经过慎重考虑，决定实行阿奇木伯克制，作为清政府在南疆的地方机构。南疆共三十一城设立阿奇木伯克，因城市规模大小不一，清政府把它们分为三等：叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、和阗为四大城；乌什、英噶萨尔(即英吉沙尔)、库车、辟展为四中城；沙雅尔、赛里木、拜城、库尔勒、玉古尔、牌祖阿巴特、塔什巴里克、哈喇哈什、克勒底雅、玉陇哈什、齐尔拉、塔克、阿斯腾阿拉图什、阿喇古、玉斯腾阿喇图什、英额奇盘、巴尔楚克、沙尔呼勒、鲁克察克、托克三、喀喇和卓、洋赫、克勒品为二十三小城，“俱给与阿奇木伯克图记。其大城图记分寸视内地佐领，中小等城以次递减”《清高宗实录》，卷642，32页。。阿奇木伯克由三品至五品不等，他们已不再是自行其是的城主，而是听命于清政府的地方官员。

减轻赋税，改善维吾尔人生活。准噶尔政权控制南疆时，向各城横征暴敛，定额每年征收钱六万七千腾格(一腾格相当于一两银子)，粮食四万零八百九十八帕特玛(一帕特玛合四石五斗)，棉花一千六百四十三察喇克(一察喇克合十斤)，红花三百六十五察喇克。克色克、绰克巴什人、商贾牧羊人等，每年要交钱四万六千腾格，商人还有金铜税——边界贸易维吾尔人，征税十分之一；外来贸易之人，征税二十分之一。由于税收过重，怨声载道，每年都不可能按数征收。清定南疆后，将赋税大减，以争取人心，规定每年征粮四千帕特玛，还不到旧额十分之一；征银六千腾格，同样不足过去的十分之一。因北疆驻军需用棉织品，棉花、红花照旧征收外，“其余零星杂税，概行蠲免”《清高宗实录》，卷593，13页。。通过税制改革，减轻了广大维吾尔人民的负担，有利于地方经济的发展，又使清朝的统治受到拥护。清政府还废除了南疆各城使用的普尔钱，在当地铸造“乾隆通宝”，统一了货币。

清政府在南疆设参赞大臣、帮办大臣、办事大臣、领队大臣等官分驻各城，加强管理，还规定各城阿奇木伯克轮班入觐汇报政情。乾隆能讲维吾尔语，在接见各城伯克时，可以直接了解情况。一次，清政府任命总理南疆事务的吐鲁番郡王额敏和卓来京，向乾隆报告说，喀什噶尔城阿奇木伯克噶岱默特“人甚平常，且勒取属人财物”等事。乾隆马上叫舒赫德、福森布、苏尔德等人调查此事，结果是噶岱默特根本没有勒索财物事，而且受人拥戴，“喀什噶尔回人咸云感谢噶岱默特”。这件事是额敏和卓有意陷害，以泄一己私愤。额敏和卓因积极参加清政府平定霍集占叛乱而受清政府信任，委以管理南疆事务大权，乾隆由此认识到对任何官员都不能偏听偏信，“回人互相倾陷，是其积习”。当时不仅额敏和卓这样做，不少来京觐见乾隆的伯克都诬陷他人，乾隆对额敏和卓予以免职处分，让他回到吐鲁番“安居静养”。对其他伯克们，“俱降旨训谕，嗣后各当痛加悛改”《清高宗实录》，卷900，5页。。各城阿奇木伯克经常借征税之机加赋于民，又大肆造谣，把责任推到驻扎大臣身上。办事大臣永贵主张采取没收牲畜财物办法给予制裁，乾隆不同意，“办理回部事务，宜因其性情风俗而利导之”《清高宗实录》，卷648，18页。。他强调的是只要不危及清朝在当地的统治，就睁一只眼闭一只眼，依靠伯克们治理地方，不多加干涉。

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