元朝的书院，据称“几遍天下”，但受官方控制甚严，缺乏论辩争鸣的气氛。书院虽多，却无书院讲学的特点，几乎与官学无大区别，这是书院官学化的开端。延至明初,依然如此。直到正德(1506～1521) 嘉靖(1522～1566)之际，书院讲学论辩之风才又兴盛起来。王守仁、湛若水和他们的弟子对明朝书院发展有重要的影响。王守仁讲学，“流风所被，倾动朝野，于是绅之士，遗佚之老，联讲会，立书院，相望于远近”。湛若水是著名学者陈献章（白沙）的学生，他所到之处必建书院讲学授徒40多年。这时的书院把学术研究和讲学活动更紧密地结合起来，而且不同学派各标其宗旨，各讲其主张，往往超出书院讲坛的范围，发展成为规模相当大的地区性的学术活动，形成独具特色的书院“讲会”制度。

东林书院是明末影响最大特点最为突出的书院。据《无锡金匮县志》载：“东林书院亦名龟山书院，在城东南隅,宋杨文靖(时)讲学于此,后即其地为书院”“万历三十二年，顾宪成及弟允成始构成之。宪成殁，高攀龙、叶茂才相继主其事，榜其门曰东林书院”，“当宪成、攀龙讲学时，……远近名贤，同声相应，天下学者，咸以东林为归”。可知东林书院名声之大。东林书院的重要特点是积极参与当时的政治活动，致力于讽议朝政，裁量人物。为此，它的名声大振；但它也由此而遭到统治者的禁毁《明史·顾宪成传》说: “其讲习之余,往往讽议朝政,裁量人物。朝士慕其风者,多遥相应和，由是东林名大著，而忌者亦多”。明末曾四毁书院：第一次是嘉靖十六年(1537)御史游居敬上疏,指斥湛若水“倡其邪学，广收无赖，私创书院”。第二次是嘉靖十七年(1538)吏部尚书许赞以“官学不修，别起书院，耗财扰民”为借口,“申毁天下书院”第三次是万历七年(1579)张居正为了整顿吏治、整顿教育,遂以书院多无实学,且“科敛民财”为理由，封闭全国书院。第四次就是天启五年(1625)魏忠贤“拆毁天下书院，首及东林”。四毁书院的根本原因都是封建统治者加强思想控制的一项政治措施。

清初统治者鉴于明末书院“群聚党徒”、“摇撼朝廷”的教训，极力对书院采取抑制政策。直到雍正十一年(1733)才允许在政府严密控制下创建书院。清朝书院数量甚大，但除少数仍保留着书院讲学的传统外，多数同官学无大差别。清朝末年，随着封建制度的日渐瓦解，书院也江河日下虽有人采取多种变应措施力加挽救,终于收效甚微光绪二十七年(1901)谕令各省所有书院,于省城均改设大学堂，各府厅直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂。