至明末，不仅研究《伤寒论》的学者倍增，而且在伤寒学派中又分成许多流派。明代学者治《伤寒论》强调学仲景非拘执其方“，而是致力于阐扬他的”法“，也就是辨证施治的原则。为了不走因循旧时随方衍义的旧套路，便于阐发《伤寒论》的精华，明末的方有执推出了”错简“说，认为通行的《伤寒论》年代久远，简编错乱，虽经王叔和编次，仍存在不少人为的错乱，因此他提出了自己的重订编次主张。医学教育网搜集整理

他在《伤寒论条辨》中，削去《伤寒例》，把卫中风、寒伤营、营卫俱中伤风寒立说，并作为仲景原书要旨，其实与孙思邈的麻、桂、青龙三方三法名异而实同。清初喻嘉言附和“错简”说，将方有执的主张又演为“三纲鼎立”说，即“冬月伤寒”为大纲，伤寒六经中以太阳经为大纲，太阳经中又以“风伤卫、寒伤营、风寒两伤营卫”为大纲。喻氏更重视“法”的整理，在方氏《伤寒论条辨》基础上，订正伤寒397法。此后张璐、吴仪洛、程应旄、章楠、周扬俊等，更从而和之，后世称这一派学者为“错简重订派”。他们对王叔和、成无己持非议态度，引起了另一些医家的反对。例如，明末清初张遂辰及其弟子张志聪、张锡驹与错简派针锋相对，认为王叔和、成无己所做的编次注释工作均有助于仲景的《伤寒论》；该书皆仲景原文，绝非错简，不主张随意取去重编；在阐释仲景方法上张氏及弟子亦多有心得。清末陈修园基本上同意这种观点，故现代多称他们为“维护旧论派”。

在《伤寒论》六经的实质及如何更好地归纳《伤寒论》精义方面也有不少争议。如宋代朱肱曾以六经为经络，清代汪琥在《伤寒论辨证广注》中响应：“伤寒之病，必传经络，仲景分六经，不出‘灵枢’经脉。”

因此他对六经证候从经络角度予以增删。属于维护旧论派的张志聪和属于错简派的黄元御，在六经的实质上看法倒是一致的，即以六气来分析六经，以脏腑来联系六气。清代的柯韵伯对朱肱的六经为经络之源也持有异议。他认为六经是“经界之经，而非经络之经”，且反对喻嘉言的三纲鼎立说及397法的划分，主张按方类证，如有关桂枝汤的各条文统归桂枝证。其后徐大椿亦仿而行之，谓仲景著书不过是随证立方，本无一定次序可言，于是他以桂枝汤、麻黄汤等12类汤，来归类《伤寒论》113方，从而形成以方类证派。与以方类证不同的是以法类证，代表人物是清代的钱潢和尤在泾。尤氏《伤寒贯珠集》不像其他伤寒家那样拘泥于条文字句，而是另辟蹊径，以正治、权变、斡旋、救逆、类病、明辨、杂治、刺法这八法来概括三阳篇，谓诸法如珠，贯通全论。此外，沈明宗、包诚等则主张分经类证。伤寒学派中的学术主张争奇斗艳，各派通过争鸣，从不同角度对《伤寒论》的理论构架、六经实质、辨证方法、论治精髓等进行了讨论，从而大大提高了中医临证水平，活跃了医家辨证论治的思路。

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