现代生理解剖学认为，神经系统包括中枢神经系统和周围神经系统，中枢神经系统又包括脑和脊髓等，脑仅仅是中枢神经系统的组成部分或要素。脑虽然是(中枢)神经系统的主要汇集地，但脑并不等同于神经系统，脑与神经系统是部分与整体的关系。事实上，如果承认神经系统是产生精神的低级层次，那么我们认为精神是在神经系统基础上产生的高级层次，即精神系统是比神经系统更大的系统，这个系统中国传统文化认为就是“心”。“心”作为一个在神经系统基础上产生的比神经系统更大的系统，是一个非实体性器官，它并非是现代生理解剖学中的解剖单位，而是指以实体的“心”为重要组成部分、以人体五脏六腑有机结合所形成的人体整体功能系统，是“心”之实体与功能的统一体。

从爱因斯坦定域性的破坏，玻尔量子力学的再解释，时间与实在关系的论争，物质的非物质化，“场”概念的提出，能量和质量、潜存和实存关系的表明，怀特海过程哲学、拉兹洛系统哲学以机体系统和结构不变等概念取代物质实体，胡塞尔、海德格尔现象学，到“聚集”义上界说“物”，人本主义诸流派将物质概念心理化等等，均说明了西方物质实在观正在发生重大变革。毫无疑问，近代西方科学在还原论指导下取得了突飞猛进的发展，成绩举世瞩目。但与此同时，还原论的缺陷也日渐凸现出来。20多年前，美国一些原先得益于还原论的前沿学科的科学家清醒地认识到了这一点。他们开始从整体、系统、复杂、非线性视角去观察世界，认识事物，科学界也开始日益重视他们关于复杂性科学的研究成果。所有的这一切，预示着还原论一统天下的时代将要过去。

系统论认为宇宙中一切事物都是一个完整的系统，都是要与外界环境进行物质与能量交换的开放系统，它们相互作用使组织有序化，强调系统的整体性，相互联系性，有序性和动态原则。中医系统论思维的发展水平虽然还是朴素的，但在性质上已与现代系统科学基本一致，是对人的系统特性和规律的如实反映，掌握了人及其健康与疾病的整体性、非加和性、有机性、功能性、有序性、自主性等基本原理。因此，中医系统论思维的现代发展，不仅会为建设医药学系统论思维奠定基础，而且会对现代系统科学有重要贡献。

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