柯尔克孜主要信仰的是伊斯兰教，其渊源可上溯至中古时代。在10世纪到17世纪初，柯尔克孜族从其发源地叶尼塞河上游地区逐渐向天山地区迁徙。这期间，柯尔克孜人与邻近各个民族或部落接触频繁，经过一段时间后，相互融为一体。
　　
　　这样，一些信仰伊斯兰教而又融合于柯尔克孜族的人开始把伊斯兰教带给了柯尔克孜人。16世纪下半期，有些穆斯林“沙亦黑”在柯尔克孜地区传播伊斯兰教，但与此同时，他们又称柯尔克孜人为“卡菲尔”,意即“不信教的人”.
　　
　　由此可推知，伊斯兰教在柯尔克孜人中得以广泛的传播，最早也在17世纪以后，或18世纪前半期。产生于这一时期的柯尔克孜民间史诗《玛纳斯》，把他们反抗准噶尔的战争描写成一种宗教战争，可为一佐证。
　　
　　这些信仰伊斯兰教的柯尔克孜人主要分布在克孜勒苏柯尔克孜自治州，少数散居新疆各地。在伊斯兰教的教规教义及各种具体繁多的宗教仪式方面，他们与别的信仰伊斯兰教的民族基本上是一样的。
　　
　　比如，他们也承担“吾受儿”（粮食税）、“扎卡提”（牲畜税）、“费得尔”（回历新年向宗教职业者送的礼）、“车西曼”（每次收粮食时交的税）等多种宗教税；也要在“主麻日”做礼拜及各种宗教功课；凡柯尔克孜人的生养、婚、丧、吉庆及灾祸等，也都要请宗教职业者来主持举行规定的仪式；贫苦教徙也要经常无偿地为寺院和宗教上层分子服各种劳役，等等。
 

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