入明以后，与木偶戏一样，影戏逐渐失去了在城市瓦舍勾栏里立足的社会根基，并受到日益繁盛的戏曲的排挤，遂一蹶不振，苟且偷生于里巷乡间，成为不为文人重视的小道、末技，罕于文献记载。明初还有杭州瞿祐曾经在诗里吟咏影戏（见清·俞琰编选《咏物诗选》引瞿祐《影戏》诗），并在他的一首《看灯》诗里说：“南瓦新开影戏场，满堂明烛照兴亡。看看弄到乌江渡，犹把英雄说霸王。”（明·田汝成《西湖游览志余》卷二十引）似乎在他的时代，杭州瓦舍勾栏里还有表演历史故事的影戏在作场。但是以后，影戏的踪迹就很难寻找了。知道的，只有万历年间的山阴人徐渭做有一首《做影戏》的灯谜诗，曰：“做得好，又要遮得好。一般也号子弟兵，有何面目见江东父老。”（《徐文长佚稿》卷二十四）从中可知当时的江浙一带的影戏仍然是以表演楚汉战争一类历史故事著称的。

清初无名氏小说《梼杌闲评》第二回描写明清之际河北肃宁县一个家庭班子到山东临清地方表演“灯戏”的情况：“那男子取过一张桌子，对着席前，放上一个白纸棚子，点起两支画烛。妇人取过一个小篾箱子，拿出些纸人来，都是纸骨子剪成的人物，糊上各样颜色纱绢，手脚皆活动一般，也有别趣。手下人并戏子都挤来看……直做至更深戏才完。”其中所说的“灯戏”，实际上就是纸影戏，影人用纸骨子剪成，糊上彩绢，用蜡烛投影在白纸棚子上表演，演出在夜里进行。好像当时当地影戏演出已经不很普遍，所以人们才像看稀罕一样挤着看灯戏，连戏曲艺人也不甘落后，这再次反映了影戏衰落的状况。

入清以后，影戏在民间逐渐重新兴盛起来，并屡见于史书的记载。如康熙三十五年（1696年）李声振《百戏竹枝词》里有咏影戏诗曰：“机关牵引未分明，绿绮窗前透夜檠。半面才通君莫问，前身原是楮先生。”其小注曰：“剪纸为之，透机械于小窗上，夜演一剧，亦有生致。”“楮先生”即纸，这是纸影戏的表演。乾嘉时期黄竹堂《日下新讴》里咏傀儡戏的诗有句：“弄影还从纸上看。”自注曰：“剪纸象形，张隔素纸，搬弄于后，以观其影者，是为影戏。”上述都是北京的情况。乾隆三十九年（1774年）《永平府志》记载河北滦州正月民俗：“通街张灯、演剧，或影戏、〓戏之类，观者达曙。”乾隆四十一年（1776年）《临潼县志》“戏剧”条也说陕西当地“旧有傀儡悬丝、灯影巧线等戏”。乾隆时浙江海宁人吴骞《拜经楼诗话》卷三云：“影戏或谓昉汉武帝时李夫人事。吾州长安镇多此戏。查岩门《古监官曲》：‘艳说长安佳子弟，熏衣高唱弋阳腔。’盖缘绘革为之，熏以辟蠹也。”从中知道乾隆时海宁长安镇影戏是唱弋阳腔的。乾隆末年福州也有纸影戏的活动，所以清人陈赓元《游踪纪事》里所收《影戏》诗说：“衣冠优孟本无真，片纸糊成面目新。千古荣枯泡影里，眼中都是幻中人。”乾隆年间成书的《红楼梦》第六十五回尤三姐辱骂贾琏时说：“提着影戏人子上场儿——好歹别戳破这层纸儿。”是一句活在人们口头上的以影戏为题的歇后语，它的前提则是影戏在民间的普及。四川影戏也唱弋阳腔，嘉庆乙丑（1805年）刊本《成都竹枝词》里咏成都灯影戏云：“灯影原宜趁夜光，如何白昼即铺张。弋阳腔调杂钲鼓，及至灯明已散场。”还可以知道它是白天演出的，所以诗人表示了疑惑。清末广东潮州纸影戏盛极。道光时汪鼎《雨菲庵笔记》卷二“蛇虎怪异”条说：“潮郡纸影戏亦佳，眉目毕现。”卷三“相术”条说：“潮郡城厢纸影戏歌唱彻晓，声达遐迩，深为观察李方赤璋煜之所厌。”光绪年间成书的小说《乾隆游江南》第八回也描写到潮州的纸影戏：“趁着漆黑关城的时候，两个混入城中，在街上闲看些纸影戏文。府城此戏极多，随处皆有，若遇神诞。走不多远，又见一台，到处热闹。有雇本地戏班者，有京班苏班者。盐分司衙门，时常开演，人脚虽少，价却便宜。”浙江绍兴民间也曾流行影戏，后有禁令说：“近闻关厢内外，有种好事之徒，沿门苛派，勒索钱文，黑夜招摇扮演影戏，此街彼巷，彻夜不休。”（清代绍兴师爷传抄秘本《示谕集录》）