六十一年（1722）十一月十三日康熙帝驾崩，十一月二十日，四皇子胤禛登基继位，即为雍正皇帝。雍正帝为巩固帝位，严厉打击异己势力，深受康熙帝喜爱的三皇子允祉便成为他清理的首要目标，在三皇子府上行走的陈梦雷也无可避免地受到牵连。十二月十二日雍正帝下谕再次流放陈梦雷，谴责陈梦雷“累年以来招摇过市，不法甚多，京师断不可留。”雍正帝虽然流放了陈梦雷，却保存了《钦定古今图书集成》，并说：“陈梦雷处所存《钦定古今图书集成》一书，皆皇考指示训诲，钦定条例……此书工犹未竣，着九卿公举一二学问渊通之人，令其编辑竣事。”雍正元年（1723）正月初五，命蒋廷锡、陈邦彦分别为正、副总裁，负责完成《钦定古今图书集成》校订、刷印工作。蒋廷锡查点了印刷书页，整顿了编印人员，于雍正三年（1725）十二月完成校订工作，并装订出样本向皇帝呈进，请求皇帝题序。雍正皇帝亲笔书写，于四年（1726）九月二十七日完成，加盖“雍正御笔之宝”大印章。序文把功劳全记在康熙的身上，对陈梦雷的名字只字未提，并暗示批评“任事之臣，弗克祗丞，既多讹谬，每有阙遗，经历岁时，久而未就。”序文的点睛妙笔在末尾：“上以彰皇考好学之盛德，右文之盛治，并纪朕继志述事，兢兢业业，罔敢不钦若于丕训云尔。”雍正皇帝借流放陈梦雷打击允祉，借颂扬康熙而显示自己“继志述事”的合法性，使一部文化经典巨著充满了意味深长的政治争斗。

此书只印了六十四部及样书一部，共铸造了二十余万铜活字。《钦定古今图书集成》印行后，这些铜活字就贮藏在皇宫武英殿的铜活字库内，此后不断遭到管理人员的盗窃。管理者恐被发现，就趁乾隆年间京城钱贵之时，建议毁铜铸钱，并于乾隆九年（1744）将铜活字库里残存的铜活字、铜盘全部销毁，对此，乾隆深为痛惜。