从二十八年(1763年)开始，根据乾隆的指示开始了大规模布防新疆的调兵行动。这一年，凉州、庄浪驻防八旗兵三千二百人全部携带家属移驻伊犁，同年索伦兵一千人、察哈尔蒙古兵一千名也被派往伊犁。清政府对开往伊犁的八旗兵丁，每三丁给车一辆，每户给装运杂物的大车一辆。二十九年，乾隆又下令从承德地区调满蒙八旗兵一千人，从盛京地区调锡伯兵一千人，一律携眷驻防伊犁。乾隆指示伊犁将军明瑞：“索伦、察哈尔兵丁令其照常游牧，即满洲兵丁亦不宜常居城市，仍令其兼以游牧为事，即可撙节薪刍，伊等亦不忘本业。”《清高宗实录》，卷678，6页。他要驻守伊犁的八旗兵通过参加生产劳动，培养吃苦耐劳习惯，以保持精于骑射的传统。三十三年，驻守乌鲁木齐地区的三千六百名绿旗兵改为携眷驻防。三十六年(1771年)乾隆再次大规模增兵新疆，乌鲁木齐驻防满洲八旗兵三千，巴里坤驻满洲八旗兵两千，塔尔巴哈台原有兵额一千人增至两千人。《清高宗实录》，卷896，7页。至此，大体完成了对新疆的驻兵设防。据《新疆识略》记载：

新疆满洲、绿营官兵分布南北两路，有驻防、换防之分。驻防者携眷之兵，永远驻守，惟伊犁及乌鲁木齐、古城、巴里坤满洲绿营为然，土鲁番满兵亦如之。其北路之塔尔巴哈台满兵，则自伊犁调拨。南路之英吉沙尔、叶尔羌、乌什、阿克苏满兵，则自乌鲁木齐、古城、巴里坤调拨。绿营兵则自陕甘各营调拨，皆轮班更替，非常驻者也。伊犁地处西陲，将军镇守，故驻有满洲、蒙古八旗兵，有绿营屯兵，有锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特兵，约束严明，所以靖边圉而资控驭。惠远城满营自乾隆二十九年至三十一年由热河、凉州、庄浪移驻。惠宁城满营始自乾隆三十五年至三十六年由西安移驻。锡伯营自乾隆三十年由盛京移驻。索伦营始自乾隆二十九年由张家口移驻。厄鲁特营有自乾隆二十九年由热河移驻者为达什达瓦厄鲁特。此外绿营兵则自乾隆二十五年由陕甘两省陆续换防，至四十三年始改为携眷永远驻防。《钦定新疆识略》，卷7，1～2页，《营务》。

乾隆执政时，新疆共设官一千四百员，驻军一万九千人，岁需饷银六十八万两，粮食十三万五千石。清政府每年向新疆调拨饷银六十一万两，粮食则全部就地解决。新疆驻兵数仅次于首都和东北地区，为全国第三(指八旗驻防兵)。