在天启六年(公元1626年)正月“宁远战役”前后，以魏忠贤为代表的阉党全面窃权。他们在天启五年、六年两次大兴诏狱，残酷镇压东林党人，东林骨干岌岌殆尽。此时，朝中君昏政暗，魏忠贤阉党权势熏天，专制朝政，左副都御史杨涟疏劾魏忠贤24四条罪状，结果反遭其陷，导致了首辅叶台山，次辅韩(火广)相继遭罢黜，吏部尚书赵星南等朝臣获狱被逐，一时朝政废弛，殃及边关。

当时，上至亲王、公侯，下至地方官吏，无不蝇营蚊附，颂阉媚阉，各地修魏忠贤生祠就有40所。天启六年(公元1626年)三月，魏忠贤遣司礼监太监刘应坤等分镇山海关等处，“不时以密封走报”，实际是对袁崇焕加强监视。在东林党失势，失去朝中权臣有力支撑情况下，袁崇焕为蓟辽总督阎鸣泰(阉党)所迫，联名上疏，请求在宁远为魏忠贤建立生祠。这显然是违心的、无奈的，但却被部分不明真相的东林党人视为叛徒所不耻，连与他一起并战边关的上司孙承宗(东林党人)在他被捕入狱时，也没有竭力替他辩罪申诉。朝中阉党余孽，首辅温体仁(毛文龙同乡)、吏部尚书王永光、兵部尚书梁廷栋及高捷、薜国观、陈演等又极力推波助澜，不惜以10万本钱印刷邸报，宣传袁崇焕“通敌叛国罪行”，必欲置袁崇焕于死地，袁崇焕朝中无人替其申冤辩白，自然难逃厄运。

至于袁崇焕“擅杀边帅”之罪，其实，袁崇焕杀毛文龙是整顿军事的重大决策，也是强化边防布局的必然结果。《东江始末》记载此事时说：“华亭公(钱龙锡)造袁寓，屏去左右，低徊再四。”袁崇焕奏疏中也说：“辅臣钱龙锡为此一事，低徊臣寓私商，臣日入其军，斩其帅。”可见这个决策事前曾与东林党人，特别是钱龙锡秘密商议。毛文龙，仁和人，天启元年辽、沈失陷后，以都司逃朝鲜，后从海道收复镇江。不久，明朝升毛文龙任总兵、都督等职，开府皮岛(朝鲜称之椴岛)，号东江镇。毛文龙最初在皮岛建立据点，招徕流亡，联络登州，对牵制后金有一定作用。但是，他很快投靠阉党，辇金京师，拜魏忠贤为父。辽东巡抚王化贞、兵部尚书张鹤鸣更欲借毛文龙收复镇江事，改变熊廷弼“以守为主”的方略。熊廷弼从全局出发，曾指出：“三方兵力未集，而文龙发之太早，致使奴恨辽人，焚戮几尽，厚南卫之毒，寒朝鲜之胆，夺西河之气，乱三方并进之本，误专遣联络之成算，目为奇捷，乃奇祸耳。”王化贞不听忠告，轻发偾事，终致广宁失落。

此后，毛文龙专横自恣，军马钱粮不受核，杀降民、难民冒功，侵夺军饷，劫掠商船，骚扰朝鲜，不受节制；更重要的是毛文龙与后金早有私通，“阳修阴诱”。崇祯元年(公元1628年)，毛文龙在致皇太极的信中说：“大事若成，连各岛都是你的……你如何待我?如佟、李之隆我，我不肯；如西夷之头领隆我，我亦不肯。”“尔取山海关，我取山东，若从两旁夹攻，则大事成矣，我不分疆土，亦不属尔管辖。”毛文龙叛明降金的罪行昭著，剩下的是待价卖身了。崇祯二年六月一日，袁崇焕与毛文龙在双岛会议，袁提出三方布置，毛认为“宁远兵马俱无用”；袁要更定营伍，毛更是不从。因此，杀毛文龙就势在必行。袁崇焕事后给崇祯的奏疏说：“请旨而出海以行诛……机一泄而贻患无穷……惟有出其不意，收而戮之。”袁崇焕快刀斩乱麻的果敢行动，深为孙承宗所欣赏。他后来在《闻袁自如被逮》诗中称此举“东江千古英雄手”。《明史》中《袁崇焕本传》也说：“崇焕在辽，与(赵)率教、(祖)大寿、(何)可刚定兵制，渐及登莱、天津及东江兵制，合四镇兵十五万三千有奇，岁费度支四百八十余万，减旧一百二十余万。”这一切说明袁崇焕整顿东江是必要的，有成效的。而且，袁崇焕握有崇祯帝御赐的“尚方宝剑”，可以便宜行事，即斩杀了毛文龙，袁崇焕也罪不当磔。但毛文龙依仗阉党，朝中权臣又多得其贿赂，袁崇焕断了他们的财路，虽然自己清廉自重，但却不明白贪污受贿是犯罪，阻碍别人升官发财也是“犯罪”，遭至权臣阉党的忌恨。