此时，孙元化麾下的辽东兵将近四万，孙元化和徐光启将军队的建制由卫所制改为营制，他们计划每营4000人，其中战斗部队2000人，后勤人员2000人(战斗激烈时也是战斗部队)，配有双轮车120辆，炮车120辆，粮车60辆，共300辆，武器装备，西洋大炮16门、中炮80门、鹰铳100支、鸟铳 1200支，炮手还配备手铳(手枪)，这样火器几乎人手一支，可以说这是一支极具“现代化”“机械化”装备的军队，为了适合近战，每个士兵还装备一把锋利的日本刀。他们采取的战斗策略是，与敌对阵时，以双轮车围成环形防御阵地，将火炮架在车上，同时士兵以车为掩体，释放火铳(火枪)火炮，让敌人无法近前，值得一提的还有炮车，这几乎就是坦克、装甲车雏形，士兵藏在车厢内躲避敌人的弓箭，车厢上有射击孔，可以发射火铳和中国独有的火器--火箭(火药助推的箭，一次能发射多支或连续发射箭矢，也就是所谓的“诸葛弩”)，如果敌人突破了火力线，攻入车阵，士兵可以拔出刀与敌近战，日本刀及刀法的锋利凶猛是众所周知的，而平时拉车的马装上鞍具，就变成了战马，使步兵能变成骑兵。徐光启认为这样的部队不用多，若成就四、五营，则关内安危就不必担心；成就十营，则不必害怕关外势力；若成就十五营，则不必担心收复失土的问题了。虽然，车营制并不是徐光启的首创，但装备如此之多的火器的部队，还是非常罕见，孙元化当时所统率的辽东兵部队即为此类精锐火器营的样板试点。

然而，毕竟孙元化和徐光启都是文人，不了解军队的特点，在创建新军的同时却存在两个重大失误，一是中层军官的选拔，二是军队纪律的约束。辽东兵的领兵军官一般还是毛文龙的旧部，这些人很多是海盗、囚徒出身，虽然打起仗来都是亡命之徒，但个人素质、修养、道德低下，而孙元化又不注重对他们的管束，自负的认为自己收留了这么多辽人，是对他们有恩，辽人自然就会对自己忠心，完全无视这些辽人军官会有什么个人想法。对军队的军事训练，孙元化可谓煞费苦心，聘请了西方的军事技术人员来帮助训练，部队的军事水平得到了逐步强化，但是他对部队的军纪却不加约束，这支部队并没有成为戚继光的戚家军那样，不仅作战勇猛，而且纪律严明秋毫不犯的威武仁义之师，它仍然是亦兵亦匪的一支军队，对于一支军队来说，纪律有时比精良的装备和单兵战斗素养更重要，更能形成强大的战斗力。孙元化像戚继光那样从军事上训练军队，即所谓的“练兵”了，可并没有像戚继光那样真正严格约束管理好军队，这无疑是种下了一个恶果。

崇祯四年，东江镇皮岛的士兵因为总兵黄龙克扣军饷发生了兵变，兵变很快因为粮饷的到来和兵变发起人的内讧自动平息了，兵变为孙元化敲响了警钟，可孙元化完全无视，朝中的大臣开始有人借此弹劾孙元化，也被他在朝中的靠山徐光启、周延儒等人摆平。

不管如何，作为辽东前线后勤、练兵基地的登州、莱州，此时兵强马壮，各种先进的武器、各种军事技术专家云集在此，大有厚积薄发，一举平定辽东的气势。一切看上去很美。

但是，一个巨大的阴影已经笼罩了过来……