登州陷落的同时，莱州知府朱万年加紧了备战，他将海防和城外兵调入城中，并将城外的粮草最大限度的运往城里，还在城中加强了治安约束，逐户清查，清街设岗，发动百姓协防守城，并加固城墙，增设防御设施，一场胶东历史上空前惨烈的大战即将打响了……

6、铁打的莱州——悲壮的攻防战

孔有德等人开始建立伪政权，这时称王称帝他们还不太敢，而是建立了一个军政府，他们首先推举最年长的李九成为都元帅坐头把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三，他们竟然还以缴获的登莱巡抚印来号令登莱各州县。正当明朝廷将战抚皆不得力的山东巡抚余大成和登莱巡抚孙元化下狱治罪，而主抚和主剿两派争执不下时，叛军们已经开始实施军事行动，向登莱各州县进兵。叛军凭借先进的火炮形成的强大攻坚能力，攻克黄县。为了挽救危局，明廷新任命了徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚，按照分工，谢琏在莱州城指挥作战，徐从治坐镇青州负责增援、后勤，但为了安抚民心，徐从治依然也进驻莱州，进入了最前沿。很快叛军就将莱州围了个水泄不通，这样在这个包围圈中，有徐从治、谢琏两位巡抚、莱州知府朱万年、还有从通州来援的总兵杨御蕃，明朝的四位省、地、师级的高级干部。

为了攻克莱州，叛军调来了几乎所有的红夷大炮，从四面向莱州城轰击，这些叛军的炮兵叛乱前都曾经过葡萄牙军官的训练，炮打的得特别精准，尤其对于静止的目标，轰击城墙的垛口，就如同打靶一般的轻松。反观莱州城所处的地势并不十分险要，但是莱州城是在万历二十六年才重建的新城，莱州县志上说城墙“周九里，高三丈五尺，基厚两丈四，门四座，东曰澄清，南曰景阳，西曰武定，北曰定海，城下为池，深两丈，阔倍之。”而且还参照了西洋筑城法，筑有炮台，作为辽东的另一个后勤基地，城中的粮草、兵器充足，但不足的是重型火器较少，大多是国产的轻型火炮，而且懂得操作火炮的士兵也不多，但是莱州城在知府朱万年的严密部署下，井然有序戒备森严，莱州军民正是依托于此，展开了保卫战。

四位朝廷大员分兵把口，各守一座城门。叛军久攻不下，分兵一部攻克平度后再回师攻打莱州。这次他们集中了炮火主攻城的东北角，在炮火的掩护下，叛军不断的挖地道，想以此攻入城中，而城中则埋设了数口大缸，让盲人从中听出地道的方向后，守军向地道里灌水，淹死了敌兵，叛军再次派兵在城边挖地道，挖成大洞后，用棺材装满火药置入其中，击发引火，爆炸后城墙被炸塌了数丈，叛军从城墙缺口处蜂拥而入，守军向涌入的叛军泼下沸油，再扔下火把，冲天烈焰下叛军死者枕籍，徐从治等再命人投下早已准备好的沙袋，堵塞缺口。守军打得也极为机动灵活，夜里，徐从治等又派出敢死队悄悄出城，从几个方向出击，击毁叛军的多座火炮，并颇有斩获。不久，神机营参将彭有谟进入莱州城后，则又加强改进了火炮的技术，提升了守军的操炮水平。在叛军的一次趁夜偷袭中，他率兵连续打退了叛军的三次进攻，莱州军民称作有“再造之功”。