明朝建国后长期与蒙古各部落处在战争状态，经徐达等几次征战，北方边防线稳定于燕山北麓至阴山南麓，沿线从东往西设置军事据点，其中最重要的是辽阳卫、大宁卫（今辽宁宁城西）、开平卫（今内蒙多伦北）、大同卫、东胜卫（内蒙托克托）。这些据点一般有左、右两卫兵力，是防线上的核心据点。明初还曾企图以藩王镇守边境，北方自东而西封有宁王（即原大宁卫）、燕王（北平，今北京）、谷王（宣府，今河北宣化）、代王（大同）、晋王（太原）、秦王（西安）、庆王（宁夏，今银川）、肃王（甘州，今甘肃张掖）8位藩王，都配备了3卫军队为王府护卫，而且还有指挥驻军的兵权。其中燕王朱棣军事实力最强，北平一带部署有16个卫的兵力，而且还因在1390年征伐蒙古的战争中获得胜利，得以将超过万名投降的蒙古骑兵编入自己的军队。成为后来发动“靖难之役”的资本。
　　
　　1402年朱棣在经过残酷的内战登上皇位后，迅速开始削减藩王的护卫兵力。在5次劳而无功的“御驾亲征”漠北的同时，明成祖改变边防战略，划定北方边防线沿大兴安岭、燕山、太行山、吕梁山口、经陕北高原沿祁连山北麓向西延伸至嘉峪关，沿线陆续修建“边墙”（习称明长城）。并在边墙一带陆续设置军镇，号为“九边”,即辽东、宣府、大同、延绥（榆林）、宁夏、甘肃、蓟州7个军镇，再加上靠近边境的太原与固原卫也称之为镇。明初原来设置的边卫都撤至长城以内，成为守卫长城的驻防军。长城外的防御依靠内附的蒙古部落。比如原来的大宁卫就移交给蒙古族的兀良哈部落，号为朵颜、福馀、泰宁三卫。后来将长城外各少数民族部落统辖于“奴儿干都司”之下，给各部族以“卫”的番号，共有384卫之多。如后来建立清朝的女真部落就曾被编为“建州卫”.
　　
　　九边军镇各设置总兵，重要战略方向在几个总兵上设总制、总督。如“三边总制”统辖延绥、甘肃、宁夏3镇；蓟辽、宣大总督各统辖2镇等等。总制、总督有一定的临时处断权力，但和唐代节度使不同，九镇只是军区，没有干涉民政的权力。
　　
　　原来明初的边卫士兵都是土着兵以及充军的罪犯，有战事情况下征调其他卫军，号为“客兵”.永乐年间，开始规定由内地军卫士兵轮流戍边，谓之“边班”.以后逃亡日甚，逐渐改为招募，兵员数额也逐渐减少。明初仅宣府一镇就有将近10万官兵。百年后官兵实有数6.69万，其中一半是招募的。
　　
　　按照制度，各镇总兵官、总镇军统领正兵，副总兵分领3000为奇兵，又设游击分领3000兵员“往来防御为游兵”,参将分守镇各路东西策应为援兵。边防线上营、堡、墩、台都依据要紧程度部署士兵。平时应时常组织出塞巡逻侦察，清理道路，修建工事。但是到后来制度废弛，军纪涣散，战斗力极差。
　　
　　尽管明代修建的砖石长城是历代最牢固的，部署的边防军也达到了数十万人，并且还装备了当时最先进的火器，但是这条边防线却是历史上最不堪一击的。蒙古部落及后来的满清都曾多次穿越这条防线，直逼北京城下，形成历代罕见的“边患”长期困扰局面。
　　
　　满清皇朝是在统一蒙古各部后入主中原的，在很长的时间里，北方边境太平无事，清朝廷因此并没有在北方边境部署大量的边防军队。只是在与俄罗斯、西北一些少数民族发生冲突与战争时，临时组建野战军出击，集中兵力解决边境问题。仅在新疆地区驻扎了较多的边防军队。

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