对于《黄帝内经》哲学基础的研究，多局限于儒、道两家，其中道家与《黄帝内经》的研究尤为兴盛，但亦常囿于相关字句词语的表层研究。《孙子兵法》作为春秋兵学的代表著作，其与《黄帝内经》理论体系的相关研究亦常局限于“战略、策略－治则、治法”的范围，这无疑忽略了《孙子兵法》丰富的哲学内涵对《黄帝内经》“医学－哲学”理论模式形成的影响。

先秦哲学思想，从根本上看表现在信仰和理性两个方面。《左传》有云“国之大事，在祀与戎”，《说文解字》载“祀，祭无已也。”“戎，兵也，从革，从甲。”祭祀作为巫文化的一种重要载体，体现了原始思维中试图与天地沟通并得以认识、掌握自然界规律的信仰因素。而“兵”，这种实实在在的战争，则在实践中萌发、发展了理性的思维方式。思维方式与在具体思维方式下产生的具体思想之间的关系，好比是“渔”与“鱼”的关系，授人以鱼不如授之以渔，先秦诸子百家哲学思想中所体现的各自的思维方式，也就是各自的世界观、人生观、方法论等等，是我们研究《黄帝内经》天人观哲学基础、整体观念、辨证论治的根本所在，如果仅仅是停留在具体思维方式指导下的具体思想与《黄帝内经》中具体章句的研究，往往会舍本逐末，不得要领，不能抓住医学与哲学相关性研究的根本。中医学作为一门医学，理论指导下的由道至技的实用技术理念是其发展的根本所在。在借鉴哲学思维方式以及某些具体思想的基础上屏弃某些形而上的、充满信仰色彩的思想，并结合人体生命阐发人体的生理结构、功能、养生、病理变化、诊断、治疗等方面，是中医学作为侧重于应用技术性自然科学所必需的。作为春秋兵学代表的《孙子兵法》，其暗含的客观、全面、同时强调主体能动性的实践理性思维，对诞生于先秦两汉之际的《黄帝内经》的理性思维的构建，起到了重要的作用。

从思想发展的逻辑看，总结春秋战争经验的《孙子兵法》在前，在春秋战争经验总结的基础上再概括发展的《老子》在后更加合理。李泽厚亦讲“《老子》是由兵家的现实经验加上历史的观察、领悟概括而为政治－哲学理论的”，从一定角度表明了《孙子兵法》对整个中国思想史的重要意义。

以《论语》为代表的儒家思想，实至宋代援道、释入儒形成理学之后，对中医学影响最为深远，故儒医并称。《四库全书总目提要》中有“儒之门户分于宋，医之门户分于金元”之说；《老子》中“道”的内涵不一，虽然亦有具体的对实践行为的指导，但总体上偏重于形而上的表述，《黄帝内经》中好多篇章虽与《老子》多有互参，亦多是养生之谈，很难落实到临床实践的实践技术层面。而且《老子》对《孙子兵法》的哲学抽象，使《老子》本身忽略了对个别性、具体性信息的搜集与研究，亦是《老子》思想难以影响《黄帝内经》中疾病诊治相关理论建构的原因；汉代，阴阳五行理论作为一种思维工具虽然渗透到包括中医学在内的自然科学之中，但更多的是一种社会政治功利之用，其在《黄帝内经》中的应用，实际上是以《孙子兵法》为代表的实践理性思维的具体化、工具化、模式化、程序化、形象化。因此，追溯《孙子兵法》中的内容，其朴实的辩证法思想、对立统一的矛盾观、比较分析法、逻辑推理方法等理性思维方式，从一定程度上影响了《黄帝内经》作者们实践理性思维特质的构建，这些内容也是我们研究《孙子兵法》与《黄帝内经》关系的基础。