来到第9、10窟，它们的年代要略晚一些，是由孝文帝宠信的宦官钳耳庆时于公元489年建成的，无疑也是一组皇家的洞窟了。这两所窟里都立着中心塔柱，它们的前室设有一排立柱，构成了前廊，使洞窟拥有了气势雄壮的外观。第9窟的主像是释迦牟尼，而第10窟的主像却是未来的弥勒佛，这是一种新的组合形式。两窟的壁面上还布置了较多的释迦多宝对坐像。

呈马蹄形的第5窟主室，在正壁前方雕出一尊高达17米的大坐佛像，大佛的身后还有一条可供僧侣们礼拜的环形甬道。两侧壁前各有两身胁侍像，其余的空间遍布着大小佛龛，都是洞窟完成以后陆续开凿出来的。和第五窟不同的是，第6窟主室的平面近似于正方形，每边长约13米，正中立着一座粗大华丽的通顶方形塔柱，分为上下两层，每层每面都开着佛龛，刻着佛教中的各式人物形象。在中心柱上层的四角处，还各有一头象驮着楼阁式宝塔，属于云冈雕刻中极为特别的例子。窟内还雕出长达30余幅的佛传故事，是浮雕连环故事画中的杰作。另有一项显著变化，就是这两窟的大型佛像都改变了过去的右袒或通肩的服装，而穿上了褒衣博带式袈裟，这种服装很宽大，是从当时的南朝佛教艺术中学来的。菩萨的身上戴着帔帛，下身穿着宽大的长裙，也很符合当时汉族士大夫们的穿着习惯。

北魏的统治者是鲜卑族人，为什么让这些佛像穿由汉族人统治的南朝流行的佛装呢？原来到了孝文帝统治时期，北魏国内的各种矛盾都逐渐激烈起来了，而汉族和鲜卑族之间的矛盾就是极为突出的一顶。为了缓解这些矛盾，巩固鲜卑人的统治，年轻有为的孝文帝采取了各项政治改革措施，全面学习南朝汉族政权的政治制度与生活习惯，他的目的就是要使鲜卑人全部汉化，使他们融合在广大的汉人中间。其中的具体做法有改鲜卑姓为汉性，如把拓跋氏改为元氏，孝文帝的名字也就叫作元宏了；命令所有鲜卑人一律不许再穿胡服，而改穿汉人的衣服。公元486年，孝文帝开始穿戴汉族皇帝的衮服冕旒上朝，从此以后，北方的鲜卑人就越来越多地改穿汉装了。在这样的历史背景下，第6窟里出现的南朝传来的褒衣博带佛装，正是现实社会中进行的革新在佛教界的反映。在这第5、6窟浩大的工程中，不但出现了许多新的内容与形式，就雕饰的富丽而言，也属于云冈石窟之最了。

来到云冈窟群东端的一组中型中心塔柱窟，被供奉的主尊像就位于窟室的后壁上，第1窟是弥勒菩萨，第2窟是释迦牟尼。这两窟的南壁窟门两侧都雕着维摩诘和文殊菩萨像，中心塔柱的表面有释迦与多宝佛。释迦以及三世佛像，都是这一时期流行的题材。第1窟的东壁还刻着一组佛本生故事浮雕。从这组石窟的雕刻中，我们可以看到北魏的佛教界很重视《法华经》和《维摩诘经》这两部经典。

第3窟是一所没有完成的巨大无比的中心塔柱窟。在它的前室上部左右各雕着一座宝塔，双塔之间开凿了一所方形的窟室，里面刻着弥勒菩萨像，室内的壁面上满着小千佛。而第3窟主室却只开出了前半部分的雏形，现在位于大中心塔柱南面西侧高大的倚坐弥勒佛和两身胁侍菩萨立像，是到了唐代才补雕出来的。在唐代的道宣和尚写的《续高僧传.昙曜传》里，曾经提到武州山下的东头佛寺，可以提供给近千名的僧侣修行，很可能指的是第3窟及其所在的寺院。

云冈第二期石窟中所表现出的造像题材，也可以同佛教僧侣们修禅观想的要求相联系。佛教认为，禅僧们在修行的时候，如果遇到了无法解决的疑难问题，就应该去请教弥勒菩萨。所以，在第3窟供禅僧修行的超级中心塔柱窟的前室上，开出了弥勒菩萨居住的窟室，可能就是为了这个目的。而第5、6窟和第7、8窟的明窗左右都刻出了坐禅僧人形象，很有可能是当时有意树立的坐禅的标准形象。根据史料记载，那时的出家人并不都是本着虔敬的心态披上袈裟的，在那些被剃度了的僧人当中，有的是为了逃避繁重的苛捐杂税，有的是皇室贵族为了给自己作功德而特地度化来的。不论他们信佛的诚意是否真切，那愈燃愈烈的佛教香火，总是推动了北魏国佛教的繁荣与兴旺，也造就了一批影响后世的艺术杰作。因此，云冈第一、二期的石窟艺术，在中国佛教艺术发展史上据有举足轻重的历史地位。