在教唱的过程中，李锦旗总觉得第3段编的不够理想，再者这3段最大的缺陷是：没有马列主义思想作指导，东方也是红不起来。因此又修改了第3段，并新编了第4段、第5段：“红色军，爱人民，武装斗争称英雄，为了解放全中国，呼嗨呀！处处想着灭敌人。红太阳，革命的人，马列主义放光芒，她的思想指方向，呼嗨呀！照得人民亮堂堂。”

这样，李锦旗认为歌词就比较完整了，每段都有指导思想，每段都有红色的意思，“后两段没有连结在一起教唱，印象不深，于是人们总以为歌曲只有3段”。李锦旗回忆说，300多完小学生很快学会了这首新歌，并在县城内传唱开来。

李锦旗曾回忆说：“歌词是我自己编写的、唱的，以后马可同志又编写了第3段‘毛主席，爱人民……’把原有的军队一段删去了，这时我还在通镇完小工作，情况我都知道，可我是个共产党员，是人民教师，陕甘宁边区政府动员移民是件大事，我不能和李有源同志他们一般计较，影响运动，当时我一直没有吭过气。”

在“文革”中，李锦旗无意间说起《东方红》的词是他作的，为此背上“冒充作者”罪行，戴上“政治骗子”的帽子，遭受了牢狱之灾，受尽折磨。“文革”后，他曾为讨要公道而赴京上访，但最终为顾全大局而忍辱放弃申辩。

1998年，李锦旗因患绝症去世，刘炽也与世长辞。据刘炽生前接受记者采访时认为，《东方红》歌词作者是李锦旗和公木等，跟李有源没有多少关系。

李锦旗被作为《东方红》词作者首次对外公开，是在1992年前后。1992年，《火花》杂志第7期发表了一篇谷威撰写的《东方红词曲“原籍”新考》。该文最早提出：据刘炽同志考证，“移民模范李有源和他的侄儿李增正唱的6段《移民歌》是佳县一语文老师（指李锦旗）所作，第一段是‘东方红，太阳升’原词，后来人们感到内容有些单薄，又填了3段歌颂共产党和八路军的内容，成了9段《移民曲》……”从该文发表开始，《东方红》歌词作者出现了“李锦旗”所作一说。