１９３９年春，英国牛津大学聘请他为汉学教授，并授予英国皇家学会研究员职称。他是该校第一位受聘的中国语汉学教授，在当时是一种很高的荣誉。他离昆明到香港，拟全家搭英轮转赴英国牛津大学任教，因第二次世界大战爆发，被逼暂居香港，任香港大学客座教授兼中文系主任。１９４１年１２月８日，太平洋战争爆发，日本人占领香港，寅恪立即辞职闲居，日本当局持日金四十万元委任他办东方文学院，他坚决拒绝。１９４２年春，有人奉日方之命，专程请他到已被日军侵占的上海授课。他又一次拒命，随即出走香港，取道广州湾至桂林，先后任广西大学，中山大学教授，不久移居燕京大学任教。当时，面对民族危亡，国民党政府腐败无能，消极抗日积极反共，寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟发起向蒋介石献九鼎的无聊活动，劝他参加，他作《癸未春日感赋》：“九鼎铭辞争讼德，百年粗粝总伤贫”。以示讽刺。这一时期，在繁忙的教学中，他仍致力于学术研究，先后出版了《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史论稿》两部著作，对隋唐史提出了许多新的见解，为后人研究隋唐史开辟了新的途径。

抗战胜利后，陈寅恪再次应聘去牛津大学任教，并顺便到伦敦治疗眼睛，经英医诊治开刀，不仅无效，目疾反而加剧，最后下了双目失明已成定局的诊断书。寅恪怀着失望的心情，辞去聘约，于是１９４９年返回祖国，任教于清华园，继续从事学术研究。解放前夕，他到广州，拒绝了国民党中央研究院历史语言研究所所长傅斯年要他去台湾、香港的邀聘，任教于广州岭南大学。院系调整，岭南大学合并于中山大学。遂移教于中山大学。

解放后，他受到党和政府的器重和无微不至的关怀，先后被先为中国科学院社会科学部委员、中国文史馆副馆长、第三届全国政协常务委员等职（据《陈寅恪先生编年事辑》仅有中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长记载，并注明辞谢未就，荐陈垣代己。上述职务据《修水县志稿》），继续任中山大学教授。自１９５６年，陈毅、陶铸、周扬、胡乔木等中央领导人，都先后去看望过他。陶铸尊重他的学识和人品，１９５７年亲自关心他的助手配备和眼疾治疗。１９６２年，他的右腿折跌骨，又给他派护士轮班照顾，在广东知识界传为美谈。１９６２年，胡乔木前往看望，关心他的文集出版。他说：“盖棺有期，出版无日。”胡乔木笑答：“出版有期，盖棺尚早。”在助手的帮助下，他把《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史述论稿》、《元白诗笺证稿》以外的旧文，编为《塞柳堂集》、《金明馆丛稿》，并写有专著《柳如是传》，最后撰《唐柳堂记梦》。他的助手黄萱曾感慨地说：”寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿（即《柳如是别传》）。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼神的气概”。

十年动乱期间，陈寅恪遭到残酷折磨。使他最伤心的是，他珍藏多年的大量书籍、诗文稿，多被洗劫动。１９６９年１０月７日在广州含恨离开人世。

陈寅恪长期致力于教学和史学研究工作。他热爱祖国，治学严肃认真，实事求是，在史学研究中写出了高水平的史学著作，为人们开拓了历史的视野，对我国史学研究做出了贡献。一直受到人们的崇敬。寅恪不仅为大史学家，旧体诗亦卓然大家。他佩服陶（渊明）杜（甫）虽爱好李白及李义山诗，但不认为是上品。他特别喜好平民化的诗，故最推崇白居易，在他论再生缘中所以有“论诗我亦弹词体”之句。有《诗存》问世。其平生著作，经过复旦大学中文系教授蒋天柱的整理、校勘，一套二卷、二百万字的《陈寅恪先集》已于１９７９年编纂成册，由上海古籍出版社出版。

陈寅恪著作推荐及选读

《隋唐制度渊源略论稿·唐代政治史述论稿》、《陈寅恪魏晋南北朝史讲演录》、《元白诗笺证稿》、《金明馆丛稿初编》、《金明馆丛稿二编》、《读书札记》、《寒柳堂集》、《柳如是别传》。

《唐代政治史述论稿》：论唐代之衰亡，归结到唐末东南诸道财富之区的破坏与汴路运输之中断。其结论云：“藉东南经济力量及科举文化权维持之李唐皇室，遂不得不倾覆矣。”

《突厥通考序》：“考自古世局之转移，往往起于前人一时学术趋向之细微，迨至后来，遂若惊雷破柱，怒涛震海之不可御遏。”

《柳如是别传》有云：“明南都倾覆，延平一系能继续朱氏之残馀，几达四十年之久，绝非偶然。自飞黄大木父子之后，闽海东南之地，至今三百馀年，虽累经人事之迁易，然实以一隅系全国之轻重。治史之君子，溯源追始，究世变之所由，不可不于此点注意及之也。”

《别传》又云：“噫！三百五十年间，明清国祚俱斩，辽海之事变愈奇，长安之棋局未终，樵者之斧柯早烂矣。”

《别传》又云：“披寻钱柳之篇什于残阙毁禁之馀，往往窥见其阪怀遗恨，有可以令人感泣不能自已者焉，夫三户亡秦之志，九章哀郢之辞，即发自当日之士大夫，犹应珍惜引申，以表彰我民族独立之精神，自由之思想。何况出于婉娈倚门之少女，绸缪鼓瑟之小妇而又为当时迂腐者所深诋、后世轻薄者所厚诬之人哉！”

文章精选         

《追忆游挪威诗 北海舟中》

孤怀入海弥难说，水鸟舟人共此游。

束地巨环迎北小，拍天万水尽南流。

斜阳大月中宵见，故国新声一笑休。

忽忆江南黄篾舫，几时归去作遨游。

《甲申除夕病榻作时目疾颇剧离香港又三年矣》

雨雪霏霏早闭门，荒园数亩似山村。

携家未识家何置，归国惟欣国尚存。

四海兵戈迷病眼，九年忧患蚀精魂。

扶床稚女闻欢笑，依约承平旧梦痕。

《壬午元旦对盆花感赋》

寂寞盆花也自开，移根犹忆手亲栽。

云昏雾湿春仍好，金蹶元兴梦未回。

乞米至今馀断帖，埋名从古是奇才。

劫灰满眼堪愁绝，坐守寒灰更可哀。