六月二十五日，宁远守军因拖欠4个月粮饷而发生哗变，守兵将辽东巡抚毕自肃、总兵朱梅、推官苏涵等被绑缚于鼓楼，捶击交下，毕自肃重伤。八月六日，袁崇焕星夜驰抵山海关视事，翌日赶赴宁远城，查处哗变事由，惩戒渎职将官，安抚军心，宁远兵变很快得以平息。他随即着手整饬边务，重建辽锦防御体系。

这时，锦州、杏山、高桥三城及十三站以东21座墩台俱被后金摧毁，袁崇焕即选任将官，指挥军民一一修缮城池，又招募流民充实队伍，于城头配置火炮，严阵以待来犯之敌。又严令各处将官听从调遣，互相配合，以克期复辽。其中东江总兵毛文龙，自恃军功卓著，朝中又有权臣支持，不听调度。袁崇焕与其推诚相谈，晓以大义，希望他以国家为重，恪守纲纪，共图复辽大计。但毛文龙刚愎自用，公然提出要以旅顺为界，分开节制。袁崇焕劝诫无果，遂以尚方宝剑，列其12条罪状将其斩杀于双岛。

在袁崇焕的严令整治下，辽东各城得以恢复，形成了坚强的防御体系，后金不敢再轻易攻掠，边事一时安宁下来。

浴血奋战  保卫京城

皇太极始终以倾覆大明，入主中原为志。但从山海关至宁远一线有袁崇焕镇守，难越雷池一步，便决定绕道进攻。崇祯二年(公元1629年)十月二日，秋高马肥时节，皇太极亲率10万军大举进犯明朝，他以蒙古喀喇沁部台吉布尔噶都为向导，绕开袁崇焕山海关防线直取北京。二十六日，分兵两路直奔永平府属龙井关和遵化县属大安口，仅3日时间，沿途诸多隘口全部被攻破，后金兵势所向披靡，京都顿陷危急。二十九日，袁崇焕从宁远往山海关途中闻讯，调集兵力分日夜兼程奔赴各处接应，截击敌兵。十一日，袁崇焕亲率九千骑兵星夜驰援京师，誓死保卫北京。

翌日，崇祯帝得知袁崇焕率军勤王，遂下旨各镇援兵统归袁崇焕指挥，并加封袁崇焕太子太保，服、俸从一品。十七日，袁崇焕见敌情严重，勤王心切，便不顾朝廷“非禁卫军不得入京畿”的禁忌，率所带九千骑兵从河西务直抵广渠门外。时值寒冬饥馑，袁崇焕严令官兵露宿扎营，不许一兵入民家，即野外英勇献身，亦不得伤损。为严肃军纪，一兵士“擅取民家饼，当枭即首”。二十日，后金军兵临城下，袁崇焕与祖大寿率兵迎敌，经一整天浴血奋战，拼死抵抗，后金军溃不成军，退却30里扎营待援。二十七日，皇太极亲率劲旅围攻左安门，袁崇焕率军与之激战。明军竖立栅栏，列队守战，后金军轮番进攻至傍晚竟不能突破。皇太极深知袁崇焕兵略，退回南海子休整。袁崇焕遂即选派500名火枪手潜入南海子，距敌营1里多时，四面攻打，敌营顿时大乱，慌忙撤出南海子。