东汉末年宦官专权，监军使者往往受其指使，陷害正直的将领。公元162年“武陵夷”起兵反抗汉朝，打到江陵一带，东汉地方长官纷纷逃跑。东汉桓帝拜“少学《春秋》、《司马兵法》”的冯绲为车骑将军，领兵10万进行讨伐。并授予冯绲全权：“进赴之宜，权时之策，将军一之，出郊之事，不复内御。”可是冯绲知道自己和太监关系不好，惟恐被太监陷害，就请求桓帝派中常侍（太监头目）为监军。当时还没有太监监军的先例，因此有大臣为此弹劾冯绲“失大臣之节”。桓帝也没有同意冯绲的请求。后来冯绲平定荆州回师后，监军使者张敞按照宦官布置，弹劾冯绲带了两个穿军装的丫鬟出征，还在江陵为自己“刻石纪功”。文官们则为冯绲辩护，认为这两件事“罪无正法”，不应追究。正好长沙又发生少数民族起义，于是桓帝以“盗贼复发”为理由，罢了冯绲的官。

黄巾大起义爆发后，各地战事频发，太常卿刘焉建议将各州刺史职权提升为掌一地军政全权的“州牧”（原来刺史只是监察官，没有行政权力），得到汉灵帝批准。刘焉领益州牧，并且被任命监军使者，以此掌握军事指挥权。这在三国两晋南北朝时期成为惯例，刺史不是兼任都督，就是兼任监军，具有军事指挥权。

三国两晋南北朝时惯例是：如果朝廷官员是以“持节”或“假节”为监军的，就是战区的最高统帅，具有实际指挥权；如果仅仅是监军头衔，则只有监督权和指挥否决权，在未接到明确指令前不得接管指挥权；而监军御史只有报告权，没有干预指挥权力。

如255年魏国大臣文钦、毋丘俭起兵讨伐司马师，司马师以王基为“行监军，假节，统许昌军”，实际就是统帅。又如263年曹魏分两路进攻蜀汉，而以卫瓘为监军。钟会一路由汉中进攻剑阁，邓艾一路经阴平小路奇袭成都平原，监军卫瓘并没有协调指挥权。以后邓艾奇袭成功，蜀汉朝廷投降，而钟会诬告邓艾要谋反，执掌曹魏政权的司马昭即命令卫瓘逮捕邓艾。卫瓘到达军营出示司马昭的亲笔命令，邓艾的部下都放下武器，邓艾被关入囚车。以后钟会自己和姜维连手打算起兵，被乱兵杀死。邓艾的部下又追上囚车，迎接邓艾回成都。监军卫瓘怕再起兵变，接管指挥权，派遣将军田续等在路上截击，将邓艾杀死。

即使没有这样的特别变故，监军对于军事指挥仍具有否决权。如582年隋文帝派出大军进攻南陈，以长孙览为东南道行军元帅，统8个总管出寿阳，水陆俱进，一直打到长江边上，南陈惊恐万分。正好这时陈宣帝死了，长孙览打算乘机过江灭陈，但监军高颎以“礼不伐丧”为理由加以阻止，仍然维持原来只示威、不作战的战略计划，退兵而还。

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