不过至1139年与北方金朝和议成功后，南宋朝廷就裁撤了“大军”的编制，由朝廷直接控制各军。军以下仍然保留将、营、队、火的基本编制。
　　
　　朱元璋在占有江南地区后开始整编军队，规定每10个士兵组成1个“小旗”,5个小旗组成1个“总旗”,两个总旗组成1个百户，10个百户组成千户，5个千户设1指挥。
　　
　　建立明朝后根据刘基的“军卫法”建议，各省设都指挥使统辖驻军，以下分设卫、所。每卫编制5600人，设置指挥；卫下辖5个千户所，每所1112人，设千户；千户下辖10个百户所，每所112人，设百户；百户下辖2总旗；总旗下辖5小旗。
　　
　　和以前的朝代一样，明代这套卫所制的军队编制也没有贯彻始终，到了明中期后，明军的编制又随着募兵制的盛行而发生变化。而且这种新的编制因为募兵常常是由各地将领在本镇（相当于军区）组织的，全国并不统一。朝廷直接指挥的“三大营”开始采用“营”为基本编制，回到过去宋代的编制。营设参将，以下仍然沿用小旗、总旗、百户的基本编制。

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