明太祖朱元璋有鉴于元朝对海外用兵导致的严重后果，在他给子孙后代留下的政治遗嘱中特意划出了日本、占城等15个“不征之国”,规定不得对这些海外国家用兵。另外对付退到海岛顽抗的原来割据江浙一带的张士诚、方国珍余部，也采用加强海岸警备力量的对策。明初在沿海设置了75个“海防卫”（军队编制单位），在各卫配备50艘舰只，平均分配，受陆地指挥官的节制。这样一来明朝廷在战略上就将海上水军限制在单纯防守的限度之内。仅在南京的上下游，设置了独立编制的两支内河水军。以后明代统治者基本上都遵循这一方针。虽然15世纪初有郑和七下西洋这样的航海壮举，证明了中国水军具有威慑广大海域的实力，但由于这一壮举没有转化为经济收益，结果巨大的耗费反而使统治者进一步压缩水军编制。到了16世纪，曾经强大无比的中国水军居然无法对付以小股偷袭的日本海盗的侵扰。
　　
　　清朝入关前已在辽东部署水师，统一全国后根据战事需要曾组建相当规模的水师，如讨伐吴三桂时，组建水师有鸟船100艘，沙船438艘，总兵力3万人。进攻台湾时调集各地水师船只500艘，施琅攻克澎湖，用战船300艘，水师2万人。以后陆续设置了奉天、旅顺、天津、浙江、福建、广东等水师，但基本上仍然沿袭明代的战略，水军编制很小，以“营”为单位配置各地。而所起作用仅是“捕盗”.但即使如此沿海商民仍困于海盗之苦。太平天国战争后，经曾国藩建议才改组水师为外海、内洋、里河三大类，并将后两类水师逐渐组建为新式海军，分为南洋、福建、北洋三大水师。

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