其二，对严重损害国家军事利益的犯罪行为，实行惩治从严的原则。
　　
　　在这方面，秦继承春秋时代的传统，对叛国、作乱、不执行军事命令等严重损害国家军事利益的人员加以严惩。《尉缭子·重刑令》：”将自千人以上，有战而北（败），守而降，离地逃众，命曰国贼。身戮家残，去其籍，发其坟墓，暴其骨于市，男女公于官。自百人以上，有战而北，守而降，离地逃众，命曰军贼。身死家残，男女公于官。“各级军官若贪生怕死、逃亡畏战或是投降敌国，不但本人要被处死，其家族、祖先也要受牵连。这一点与战国时期关东各国形成鲜明对比。乐毅在攻打齐国时，”燕惠王固已疑乐毅，又得齐反间，乃使骑劫代将，而召乐毅。乐毅知燕惠王之不善代之，畏诛，遂西降赵。赵封乐毅于关津，号曰望诸君，尊宠乐毅以警动于燕、齐“.结果燕惠王不但没有悬赏捉拿，反而写信劝说乐毅归燕。”赵使廉颇伐魏之繁阳，拔之……（赵）使乐乘代廉颇。廉颇怒，攻乐乘，乐乘走。廉颇遂奔魏之大梁。“赵王也没有悬赏捉拿廉颇，后来还派人请廉颇回赵。将乐毅、廉颇与樊於期叛逃后的情况加以对比，就可以知道，秦对军人犯罪的处罚要比关东其他国家严厉得多。秦国对于漏泄军事情报、叛乱投敌、与外敌勾结、逃亡他国、发动武装叛乱、不能按期到达指定区域、作战中擅自撤退、在军营之中擅自行动等严重影响国家军事利益的犯罪者都要处以死刑。一旦被判处死刑，既不能赦免、也不能用财产赎取，只有死路一条。从秦代历史来看，秦国将领极少逃往他国者，这与秦国对军事犯罪的惩治极为严厉有关。
　　
　　其三，对军事犯罪的惩治实行”连坐“制度。
　　
　　据《史记·秦本纪》记载，秦文公十年初有三族之罪；商鞅变法为秦国制定了一整套连坐制度。惩治军事犯罪的”连坐“包括：
　　
　　家族连坐：自三代以来，家族连坐一直是惩治犯罪的一条基本原则，秦及关东六国均无例外。商鞅说：”强国之民，父遗其子，兄遗其弟，妻遗其夫。皆曰：不得，无返！又曰：失法离令，若死，我死。乡治之。行间无所逃，迁徙无所入。“（《画策》）军人在作战中若不能杀敌立功，或是违犯了军法，军人及其家属都要受惩罚，想逃亡迁徙都不可能。秦始皇九年缪（士毋）叛乱失败后，”尽得（士毋）等。卫尉竭、内史肆、佐戈竭、中大夫令齐等二十人皆枭首。车裂以徇，灭其宗。及其舍人，轻者为鬼薪。及夺爵迁蜀四千余家，家房陵“.”族灭“就属于家族连坐的性质。
　　
　　职务连坐：秦律规定，在军事犯罪的惩罚上实行职务连坐。”任郑安平，使击赵。郑安平为赵所围，急，以兵二万人降赵。应侯席（士毋）请罪。秦之法，任人而所任不善者，各以其罪罪之。于是应侯罪当收三族。“郑安平阵前降敌，应该处以灭三族的惩罚，这属于家族连坐；而范睢推举郑安平，也要被灭三族，这就属于职务连坐。前引《秦律杂抄》，县尉选送士吏和发弩啬夫不合格，发弩啬夫和县尉都要赀二甲，其中县尉受罚就属于职务连坐；县司马选送军马不合格，要罚二甲，县令、县丞要各罚一甲；军马考核名次最后的话，司马罚二甲，永不录用，县令、县丞罚二甲；这些也属于职务连坐。职务连坐涉及颇广，凡属监督管辖范围内的官吏犯罪，上一级官吏都要负连带责任。在秦倾全国之力完成统一大业的时候，职务连坐能够防止各级官吏渎职犯罪，最大限度地调动和发挥各部门所有官员的作用，维护国家军事利益。