孤岛的工作，甚至包括遵照毛泽东亲笔写的购书单，购买《孙子兵法》等线装书运到延安。她成为民主人士进步抗日的沙龙聚会“星二聚餐会”的召集人，而按照上级刘少文的指示，这个沙龙成为抗日时期共产党“三三制”（为反对一党专政，抗日民主政权中，共产党员、左派进步分子以及中间分子和其他分子大约各占三分之一）试点的一个范例。
　　
　　身为“名媛”,黄慕兰兼职甚多。杜月笙系统的上海市地方协会和黄炎培的中华职业教育社办的流亡学生补习学校，多请她做校董；她还任国际救济会总干事；许广平任校长的中华女子职业学校（后改为国共合作的抗日特工培训机构），黄慕兰负责经济支持。基督教女青年会进行抗日劝募，也请她作报告。她以豪门女主人、银行家和大律师夫人的身份，穿梭于各种政治光谱、斡旋于错综复杂的人际关系之间，保密纪律让黄慕兰难以出面澄清误会，这也造成她日后一再被怀疑和审查，甚至，一些1949年后的传记作者，将她写成“国民党政治掮客”.
　　
　　在《文献》编辑部被日伪特务破坏之后，刘少文和黄慕兰接到命令转战香港。此时，她的丈夫陈志皋已经是国民政府的中央赈济委员会，主管福建和广东的赈济工作。另一方面，他们暗中支持八路军东江纵队，并在香港沦陷之后，抢救何香凝、柳亚子、田汉等大批社会贤达回到陪都重庆，这就是着名的“省港大营救”.
　　
　　1942年，黄慕兰去重庆，在重庆曾家岩八路军办事处，见到了阔别11年的周恩来夫妇。她当时备受流言困扰，担心暴露与东江游击队的关系，因此，希望离开陈家，回到延安。但周恩来劝她和陈志皋一起，继续掌握中央赈济会这个重要据点。然而不久出事。影星胡蝶在被护送期间，发生大宗行李失踪案件，陈、黄夫妇被胡蝶指控包庇杨惠敏（1937年四行仓库保卫战中给“八百壮士”送国旗的女童军，后加入营救护送工作，负责胡蝶护送），私通“东江游击队”抢劫了财物。就在当年，陈志皋与产后重病的黄慕兰同时被军统秘密逮捕。
　　
　　黄慕兰被军统反复讯问，重点是此前社会活动中与共产党的关系，她在狱中没有吐露任何机密。她在抗辩状写道：“我如反共，他年（与宛希俨）遗孤长成，将何颜相见呢？如以联共有罪，请处极刑，裨获从先夫于地下，虽死犹生。”她被草草判决，服刑两年之后被保释出来。此时已是抗战胜利前夕。
　　
　　抗战胜利，黄慕兰家又成为沪上文艺界的“民主沙龙”.但不久之后，通易被南京国民政府勒令停业，继而宣布破产。经济挫折之下，黄还面临家庭危机。
　　
　　1949年，解放战争胜利，黄慕兰等来了自己的老上司潘汉年和刘少文，却迟迟未得到任何工作安排。她去面见成为华东局书记的饶漱石，饶却告诉她，她的党组织关系不会被承认。而由于当时台湾尚未收回，黄慕兰做过的很多事情也不便公开，刘少文推荐黄氏夫妇任全国政协委员，也被否决。
　　
　　在新中国找不到位置，而在海外有很多社会关系，陈志皋决定离开大陆。黄慕兰选择让丈夫带着“统战任务”跟其初恋情人结伴离开，而她带着四个孩子，等待自己奉献了二十多年的革命，给自己一个结论和新的未来。黄相信定有重逢之日。“我天真地以为十年后他就会回来的，那时候台湾也解放了。”没想到，这一别又是永诀。