章太炎被捕的消息一传开，便有高层的故旧前往总统府为他缓颊：“袁总统有精兵十万，何必畏惧一介书生，不恢复其自由呢？”袁世凯回答道：“太炎的文笔，可横扫千军，亦是可怕的东西！”袁世凯可真有幽默感，舆论的压力太大，他不好给章太炎派罪名，就定了个“疯子病发违禁”的滑稽名目，以缓和外界批评，求得大家谅解。但不少旁观者仍拭目以待，看袁世凯会不会杀掉“民国之祢衡”。他偏不杀，想借此表明自己的大仁大德。

 

　　袁世凯琢磨来琢磨去，虽然不动杀机，也不能放虎归山，还是先留一手，将章太炎幽禁在北京钱粮胡同的新居，这所房子原是凶宅，翌年（即1915年），章的长女即在此自缢身亡。

 

　　在钱粮胡同的居所，章太炎可读书写作，亲友和弟子也可前来探望，但警方就是不给他出门的自由。“章神经”哪里受得了这套全天候包饺子似的“照顾”？他要泄愤是不会找不到办法的，先是在八尺见方的宣纸上大书“速死”二字，悬挂于厅堂正中；然后满屋子遍贴“袁世凯”字样，以杖痛击，谓之“鞭尸”。他还有一个消遣也出人意料，把得意弟子黄侃叫来，口授《中国文学史》讲义，由黄侃悉心整理，师徒二人常夤夜不辍。遭软禁而不废学术，此公真好精神。他还召集寓中所有仆役，颁示条规：（一）仆役对主人须称呼“大人”，对来宾亦须称呼“大人”或“老爷”，均不许以“先生”相称。（二）逢阴历初一、十五，须一律向主人行大礼，以贺朔望。如敢违例，轻则罚跪，重则罚钱。章门弟子钱玄同感到很好奇，问老师为何要立此家规？章说：“我弄这个名堂，没别的缘故，只因‘大人’与‘老爷’都是前清的称谓，至于‘先生’，是我辈革命党人拼死获得的替代品。如今北京仍是帝制余孽盘踞的地方，岂配有‘先生’的称谓？这里仍是‘大人’‘老爷’的世界，让他们叩头，不是合情合礼吗？”

 

　　这时期，章太炎曾两度绝食，以死相抗，致夫人汤国黎的信，气调十分悲苦。第一封有点自悼的意思：“以吾憔悴，知君亦无生人之趣。幽居数日，隐忧少寐。吾生二十三岁而孤，愤疾东胡，绝意考试；故得精研学术，忝为人师。中间遭离乱，辛苦亦至矣。不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，又何言哉！吾死以后，中夏文化亦亡矣。言尽于斯，临颖悲愤。”第二封信则纯然是奄奄一息者的告白：“汤夫人左右，槁饿半月，仅食四餐，而竟不能就毙，盖情丝未断，绝食亦无死法。”汤夫人收信后，担心疯子老公就此归西，立刻拍了一封电报给总统袁世凯和副总统黎元洪，说是“外子生性孤傲，久蒙总统海涵”，这回仍请求他们高抬贵手，保全性命。

 

　　到了1915年下半年，袁世凯内心的帝王瘾类似于狂犬病，骤然大发作，筹安会“六君子”抓紧时机，竭力宣传，怂恿各界名流上书劝进。于是全国很快就闹腾得臭哄哄的。这时，有人想邀功，在袁世凯面前自告奋勇，声称他可以说服“章神经”，让他改弦易辙，须知章氏清望极高，影响深远，若能撰文拥护帝制，则局面大可刷新。翌日上午，袁世凯没想到会这么快，章太炎就教人把信送了过来。袁的心情好不舒畅，可是信还没读完，他脸上的喜色就蓦然全消，化为一片寒冰：

 

　　某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀！