但人们对此疑惑不解：如此拙劣的“反间计”，果然能使勤政克劳，常以英主自诩的崇祯皇帝决然无顾地诛杀一位战功赫赫、“进退一身关社稷”的边关大将?这是历史悬案，清史此说姑且存之。但此说终究值得怀疑，清朝入主中原，经历了顺治、康熙、雍正三朝至乾隆中期长达153年之久，此前何以不出现?而后来论者虽汗牛充栋，但都忽略了一个事实，如果袁崇焕真的“通敌叛国”，崇祯为何还重用袁手下生死与共的大将祖大寿?又为何不马上处死他而要延迟至8个月之后?崇祯诏谕袁崇焕的“罪状”中“专恃欺隐”指的又是什么?为何他非要处袁崇焕以“磔刑”来泄愤不可?

明思宗朱由检17岁登基，从他开始时所处理的许多大小政事看，他是个有一定知识的人，自小经筵师讲教，文墨智能远胜其兄朱由校。他诛杀了魏忠贤，清理了一批逆党，起用了许多贤才。这些均被当作了不起的大事，有“英明果断”之誉。中国历史上施用“反间计”及诬陷忠良通敌者不乏先例，但中不中计，确可判断国君的贤愚。崇祯帝中计，虽不排除这个刚愎自用的君主用人多疑，正如《明史述评》所说，“无知人之识”：但查查袁崇焕投身辽战几年的光荣历史，看看眼下千里赴难，出生入死的表现，戳穿“反间计”是不难做到的。总的看来，崇祯帝不是一个彻头彻尾的“昏庸之君”，此计应不是磔杀袁崇焕的主要因素。

但是什么因素让崇祯非杀袁崇焕不可呢?究其原因，一是崇祯帝所说的“专恃欺隐”，但袁崇焕隐藏了些什么深藏不露的秘密?又为何让崇祯忌讳莫深、寝食不安，必欲置之于死地?二是出现在袁崇焕身上的种种“神奇”行为和异常“征兆”。

事实是，袁崇焕考上进士后，初授福建邵武知县，此后从万历四十七年(公元1619年)至崇祯二年(公元1629年)十二月十年间，袁崇焕政绩、战功皆卓著，连升十三级。这在封建时代是极为罕有的，从而引起了朝野的关注和疑惑。

面对这种疑惑，袁崇焕颇为隐讳。按封建时代，一个人一旦考上进士，以及朝廷任用大员，朝廷都要派出国师到各及第进士或候任官员的家乡去勘踏其家山屋宅风水，看其能否出得如此人才，如无良好的家山屋宅，不仅不被任用，甚至还被作为“天生妖孽”而诛杀。袁崇焕威震辽东，屡屡晋升，恩宠奇遇无以复加。他明明是以藤县籍举子应会试，进士榜公布写得清清楚楚，国子监题名碑也刻得明明白白，但他却对自己的出身讳莫甚深，一时对人说“寄居平南，应童子试，受人攻讦，改籍藤县”，一时又说“祖居东莞，飘零20年”，考中进士后又故意回到东莞去拜祖祭墓，罢官回籍也故意绕道广东才回藤县，尽量小心翼翼，隐瞒其在藤县的家山屋宅。但在锦衣卫、东厂、西厂等特务机关高度严密，无孔不入的明朝，并非“英雄不问出处”的乱世，袁崇焕此举却欲盖弥彰，弄巧反拙；引起了妒忌的阉党和多疑的崇祯帝的极大狐疑。