天启初年，东林党一度参政。面对民族矛盾激化，他们能以国事为重，重视人才，加上袁崇焕的座师是内阁大学士韩炉(东林党人)，所以，袁崇焕的军事才能很快被东林党发现。天启二年(公元1622年)二月，御史侯恂(东林党人)请破格用人，袁崇焕即被提升为兵部职方司主事，同月，超擢山东按察司佥事。在辽东，袁崇焕勇于任事，多次深入敌前，“将士莫不壮其胆”。不过袁崇焕真正发挥其军事才干，还是在孙承宗经略辽东之后。

广宁失陷后，朝廷内部更加惊慌失措，“大小臣工惟思避难，甚至托故移家”。这种惊慌失措反映在军事上则是由萨尔浒战役以来，力主“大张挞伐”，反对“以守为主”变为放弃辽东，退缩山海关。于是辽左前线发生了“守关外”和“弃关外”两种战略主张的争论。兵部尚书、辽东经略王在晋认为，“东事一坏于清、抚，再坏于开、铁，三坏于辽、沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，则弃全辽而无局，退缩山海，再无可退”。因此，主张在山海关外八里铺筑重关，实际上是放弃关外。这种主张，得到视事尚书张鹤鸣(阉党)的支持。张称赞王在晋“铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火”。袁崇焕等中下级官员则反对放弃关外，提出修建宁远城，“守关外，以捍关内”。

袁崇焕人微言轻，只得求助于内阁首辅叶向高(东林党人)。经左光斗(东林党人)提议，大学士孙承宗以阁臣掌兵部事，巡视辽东。孙承宗到辽东后，便衣策马，历宁远、觉华，相度形势，决计支持袁崇焕的建议，痛斥王在晋的弃辽主张。他说：“今不为恢复计，划关而守，将尽撤藩篱，日哄堂奥，畿东其有宁宇乎?”尽管孙承宗苦口婆心，但王在晋始终固执己见。

如何对待十三山人民抗击后金的斗争，是袁崇焕与王在晋的第二个分歧。后金攻破广宁后，又强令锦州、义州等处人民东迁。由于迁徙中强令雉发，奸杀横行，激起了人民的反抗。义州人民一半逃回，一半占据十三山抗击。在义州，合城人民誓死抵抗，最后后金兵进行了惨无人道的屠城。在十三山，10万人民在杨三、毕麻子的率领下，多次打败后金兵的进攻，后金久攻不下，筑长围以困之。杨三、毕麻子先后派人突围，向明军求援。袁崇焕主张“声援十三山，决不能委十万人于度外”，并自请“将兵五千人驻宁远，以壮十三山之势”。孙承宗支持袁崇焕的建议，但王在晋“阳具疏为请救，而极陈其不可救之状”。牵延时日，拒不救援。被围的十三山人民，有6000人乘雨夜逃出，王在晋传檄通判吴士科舟泊笔架山迎之，既不准其人关，又不使之屯牧关外，“载而置之岛，饥疲多死”。天启二年(公元1622年)九月六日，后金军屠山，只有两人逃入关内。一场轰轰烈烈、气壮山河的辽东人民抗击后金的斗争，就这样被王在晋扼杀了。

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