北宋正式建立与行政机构平级的军事统御机构——枢密院，与管理行政的中书省对等号为“二府”。枢密院长官开始称枢密使、枢密副使，与宰相并称“宰执”；以后为了防止权臣，改由其他官员来负责枢密院事务，号为“知枢密院事”、“同知枢密院事”。枢密院的职责是辅佐皇帝实现对军事指挥的控制，制定战略方针，调度军队，选任指挥官，向前线指挥官发布实施战役的指令。尚书省的兵部仍然保存，但只是执掌武官的人事、后勤供应等具体事务，没有调兵、指挥权力。

枢密使或知枢密院事一般都是由文臣来担任，间或有武官担任的情况发生，但不是经常性的。狄青出任枢密使，遭到文臣一致反对，即使是同情他的文官也建议朝廷为了狄青能够“全节”还是撤了他为好。最后以狄青罢官了结。

武官的最高机构“三衙”（殿前都指挥使司、侍卫亲军马军都指挥使司、侍卫亲军步军都指挥使司）仅负责军队日常训练，以及京师地区的日常警卫。

宋朝这套制度防止了权臣专政和军阀擅权，保证了皇帝独揽军事大权，但是却大大降低了军事机器运转效率。尤其是当时依靠人力、马力接力传递文件的通讯条件限制下，指挥命令只能以日行400-500里的速度从朝廷传递到前线，一个来回就要有十天半月，根本就无法对瞬息万变的战场形势做出反应，而宋代的皇帝们却都热中于从皇宫深处“遥制”远方军队。宋太宗以后不少皇帝都喜欢在军队出征前给将帅授“锦囊妙计”，强调作战方略。特别是喜欢制作“阵图”，要将帅们按图部署军队投入战斗。如宋太宗发给前线将帅的阵图号为“御制平戎万全阵图”。宋朝廷内府还藏有不少类似的阵图，以后的宋真宗、神宗等都是临战发图进行指挥的皇帝。

在作战过程中皇帝也力图控制战场指挥，完全无视通信条件的限制，经常滥发“金字牌”的“御前急件”。比如据史料记载，南宋初年军情紧急，仅1134年到1135年的5个月内，朝廷就发出“金字牌”文件1023封，平均每天6封半。当时战场分布在四川到山东的广大地区，文件来回一次要40多天。真不知当时的前线将领见到这些过时指令作何感想。