少数民族皇朝统治时期基本也沿用宋朝的这套朝廷军事统御体制。辽、西夏、金、元也都建立枢密院，帮助皇帝进行军事指挥。但和宋朝不一样的是，这几个少数民族皇朝常常在大战区设置“行枢密院”作为中央派出机构进行指挥。朝廷对于战区指挥官一般都授予指挥全权，并不经常性进行干预。另外这几个朝代的枢密使几乎是没有汉族官员来担任的。

明朝建立之初基本沿袭宋元制度，朝廷号称三大府：管行政的中书省，管军事的大都督府，管监察的御史台。1380年废除中书省，朝廷六部直属皇帝；大都督府一拆为五，改为五军都督府；御史台改为都察院。开始时军事统御体系是回到唐朝体制：兵部掌调兵权，武官人事，后勤供应等；五军都督府管日常编制与训练，前、后、左、右、中都督府各领若干个地方都指挥使司的事务，分别与兵部平移公文。

这种体制大大加强了皇帝的日常工作量：6个部、5个府都直接向皇帝汇报、听取指示，更不要说朝廷还有大量的机构都要皇帝下指示。因此明成祖起就找一些文臣，给他们加上某某殿阁大学士头衔，以便于他们出入宫廷，在皇宫内替皇帝阅读文件，草拟“圣旨”。这些人因在宫殿“大内”办公，因此称之为“内阁学士”。以后内阁学士往往又兼任某部尚书，组成的工作班子就简称内阁。大学士、尤其是资格最老的大学士号为“首辅”，逐渐成为事实上的宰相。

内阁凡军国大事都要替皇帝处理，军事决策、调兵权力实际上也由内阁掌控，在草拟指令后经皇帝批准下达兵部。从大学士名称来说自然应该是由文官担任的职务，明朝从没有一个武官入阁。和宋朝一样，文官实际上往往不懂军事，对于遥远的作战地区情况也很少有切身的体会，所以为皇帝草拟、一般总是被皇帝批准的军事指令大多是外行意见。

清朝入关以前以及入关后初期，最高决策机构是王大臣议政会议，由满族八旗旗主聚会讨论决定重大军政措施。内阁虽然保留，但只能就一般的行政问题草拟指令。以后君主集权进一步加强，王大臣会议逐渐不再是决策机构。

康熙皇帝在1677年设置南书房，由翰林院得到皇帝信任的一些翰林组成，帮助起草军政指令。雍正皇帝又在1730年设置军机房，指定一些受到信任的大臣到房，为他起草对当时正在进行中的西北方面战事下达的指令。以后常设，名称也改为办理军机处。这个军机处从此成为清朝的军事决策机构。

进入军机处的大臣是受皇帝信任的一些部门的长官，号为军机大臣，并没有正式的品级规定，也没有人数限制，多的时候有7、8名，少的时候只有3、4名。他们的助手号为军机章京，同样也由各部中级官员兼任，人数也不固定。

军机处办事突出机密性，军机大臣必须亲自阅读起草、抄写文件，不准找秘书誊抄。甚至有明确规定为军机处扫地端水的侍从都不得识字，年满18岁就不得在军机处服务。军机处下达的军事指令称为“廷寄”，直接交由驿站以规定的速度（日行300里到加急的日行600里）传递。

清朝兵部仍然保留，但只负责绿营兵军官的选拔、委任，以及绿营兵的装备、编制等等日常事务。八旗兵事务由各旗直接向皇帝汇报，领受指令。

和宋、明等朝代发生的情况相仿，清中叶确立起来的这套军事统御体系的效率也是极其低下的。全国军队都要等待朝廷命令才可以调动，指挥官也要等待朝廷命令才可以动身，将领的战场指挥权也受到朝廷的掣肘，作战计划、作战经过都必须随时报告。往往前线已经打了败仗而作战计划还刚刚被皇帝批准。这种情况在很长一段时间内因为清朝所面对的军事敌手相对弱小、军事威胁相对统治中心距离较远，而还没有对其军事作战能力发生致命的损害，但当利用海洋迅速调动兵力的英国侵略者打上门来时，这套体制就完全不能应付。而到席卷半个中国的太平天国农民大起义爆发后，更是难以再维持下去。

（责任编辑：梦里春秋）